求助amber和opls-aa力场能否混用？

zhijiu · 发表于 Post on 2024-1-13 13:05:03

各位老师好，我发现许多文献在模拟B-DNA和A-DNA构象转变的时候，溶剂中会加入ethanol，而他们选用的ethanol参数会用oplsaa力场，核酸用的是amber力场。我看了看力场文件，发现这两个力场的combine rule是不一样的，amber里的fudgeLJ是0.5，fudgeQQ是0.8333，而opls里fudgeLJ和fudgeQQ都是0.5，在力场的开头的defaults有设置。这两项与【pairs】中的nonbonded参数计算相关的。也就是说两种力场的非键参数的计算的默认设置是不一样的。我有以下几个问题：
1.amber和opls是否可以混用，混用的话，defualt是直接采用amber的吗？因为我看李老师有篇文章关于多糖和蛋白用不同力场存在这个问题的时候，他的建议是可以直接用amber的设置，虽然会降低多糖的准确性，但是关注的问题是蛋白的话，影响不大。
2.如果直接采用amber的default设置不够准确，我看还有第二种方法，就是使用混合的1-4非键作用因子. 在GROMACS中只要把[ pairs ]部分的函数类型改成2, 并提供fudgeQQ, q_i, q_j, sigma_ij, epsilon_ij五个参数就可以了。这个操作是否是可行的？应该如何操作？
3.还有一种方法，就是我自己去把opls-aa的乙醇的【pairs】的数值填上，不采用默认设置。如果我自己去算这个数值，应该用什么公式或者方法来手动计算吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-13 13:29:54

看清楚板块再发贴！
普通学术问题不得发到资源分享版块，版头的大字强调得没法更清楚

这次给你移动了，警告一次，下次再乱找地方发帖、扰乱论坛秩序直接删帖+扣分处理

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-13 13:32:32

没有丝毫混用的必要和理由
AMBER描述生物分子时，一律用与之完全兼容的GAFF描述普通有机小分子，描述乙醇明明描述得很理想，用OPLS-AA做什么。非要和原理上不兼容的力场混用，属于自找被审稿人comment

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[综合交流] 求助amber和opls-aa力场能否混用？

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