求解寻找氯自由基加成到苯酚苯环上的过渡态问题

QWL · 发表于 Post on 2022-12-3 21:53:33

本帖最后由 QWL 于 2022-12-3 21:51 编辑

本人最近在研究氯自由基与芳香族物质的反应机理问题，并以苯酚为代表性物质，最近计算发现难以找到氯自由基加成到苯环的正确的过渡态，反复尝试初猜结构也总是未能成功，所用关键词为opt=(calcfc,ts,noeigen) freq m062x/6-31g(d) scrf=(smd,solvent=water)，也尝试过其他泛函如B3LYP和其他基组如def2-SVP，同时也尝试过不加溶剂模型，但都未能成功找到正确的过渡态。在此咨询各位老师是否是泛函和基组选取不当，或者是其他什么原因，望不吝赐教。其中，氯自由基加成到C3位点的初猜结构和输出文件如下所示。

phenol-C3add-TS.log (368.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

chands · 发表于 Post on 2022-12-3 22:59:02

这个反应未必有过渡态，尝试做柔性扫描看看。

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2022-12-4 11:33:45

有些反应也许算到最后，虚频的数值的绝对值很低，单在GaussView里面看过渡态的话，只看到两者互相接近，跑了IRC后才能确认对应于发生反应。这种情况往往是transition state很early。尤其是你这里还有自由基，首先过渡态不容易找，即使找到了也不一定能说明关键问题，因为很容易出现能垒太低，导致过渡态理论不适用的情况。形象点说，就是室温下，反应物中有相当大的一部分仅仅依靠热扰动就能变成产物，这样的话，反应物是肯定不满足玻尔兹曼分布的。

你现在可以立刻跑个IRC，看看能不能达到产物。你要继续做下去的话，恐怕得看看实验上的资料是否充足，还要做好跑AIMD的心理准备。从长远角度来说，要是你现在发现没有充足的实验资料的话，你得留意一下手上有没有其他保证自己毕业的工作。

QWL · 发表于 Post on 2022-12-4 23:01:20

Daniel_Arndt 发表于 2022-12-4 11:33
有些反应也许算到最后，虚频的数值的绝对值很低，单在GaussView里面看过渡态的话，只看到两者互相接近，跑 ...

好的，十分感谢您的指点

QWL · 发表于 Post on 2022-12-4 23:01:55

chands 发表于 2022-12-3 22:59
这个反应未必有过渡态，尝试做柔性扫描看看。

好的，感谢指点

name · 发表于 Post on 2024-1-19 09:56:35

老师，您好！我最近也正在研究氯自由基取代苯酚类物质，有几个问题想要请教您，您找到苯酚取代的过渡态了吗？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[新手求助] 求解寻找氯自由基加成到苯酚苯环上的过渡态问题