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[GROMACS] gromacs做离子液体的QM/MM MD

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各位老师好,我在研究用gromacs来做离子液体的QM/MM 动力学时,总是出现这样的错误提示,不知道该怎么解决。请各位老师帮忙看一下,谢谢老师!

8`~]}%3H(FI~]OG(}966FPY.png (15.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

qmmm.mdp

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IV4K$3F3FA$V6HMJFFLPS}L.png (11.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

错误提示

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发表于 Post on 2016-10-14 15:23:40 | 只看该作者 Only view this author
一直想用gromacs做QMMM计算,但是不知道怎么弄。楼主可有学习资料?谢谢楼主
PS:期待sob老师的gromacs的培训班能有这一部分的讲解。
https://www.x-mol.com/groups/fan_jianzhong

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-14 15:55:12 | 只看该作者 Only view this author
小范范1989 发表于 2016-10-14 15:23
一直想用gromacs做QMMM计算,但是不知道怎么弄。楼主可有学习资料?谢谢楼主
PS:期待sob老师的gromacs的 ...

在gromacs的manual中有QM/MM这一板块,还有其他的就是网上查的零零散散的资料了。不过找了一些QM/MM方面的文献,如果你需要的话,可以发给你。。。

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发表于 Post on 2016-10-14 18:18:04 | 只看该作者 Only view this author
量化计算需要知道原子序号,从提示上看你的力场文件中没有包含原子序号信息,按照提示加入原子序号再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2016-10-14 18:31:59 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-14 18:37:24 | 只看该作者 Only view this author
ruanyang 发表于 2016-10-14 18:31
http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/EMBO2004/html/tutorial.html

http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/qmmm. ...

谢谢,这两篇我都找到过,脚本也是根据这里面的编的。可这都是蛋白质的,可能跟离子液体还有差别,所以总是出现错误。。。。

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