Gaussian计算吸附能问题

lury719

计算含内酯基的活性炭纤维与汞的吸附能大小，不考虑温度的话，用产物（电子能加上校正的零点能）-反应物（电子能加上校正的零点能），但是计算的结果与文献值相差较大，不知道为什么，附上了输入文件、输出文件、以及计算结果，还请各位老师指教。谢谢！

输入文件如下
1、含内酯基的活性炭纤维与汞
%chk=D:\Gaussian 09 www\G09W\Scratch\neizhijiC16H7O2Hg.chk
# opt=tight freq b3lyp/genecp int=ultrafine
Title Card Required
0 2
C                  0.38500000   -4.40440000   -0.00060000
C                  1.77790000   -4.40440000   -0.00060000
C                  2.48630000   -3.19590000   -0.00060000
C                  1.76920000   -1.97130000   -0.00060000
C                  0.35010000   -1.98060000   -0.00060000
C                 -0.32670000   -3.20700000   -0.00070000
C                  3.92540000   -3.15380000   -0.00060000
C                  2.47800000   -0.72550000   -0.00040000
C                  3.89710000   -0.71610000   -0.00030000
C                  4.59620000   -1.97470000   -0.00050000
C                  4.57390000    0.51030000   -0.00020000
H                  5.67410000    0.52320000   -0.00020000
C                  3.86220000    1.70760000    0.00000000
C                  2.46930000    1.70760000    0.00000000
C                  1.76090000    0.49920000   -0.00020000
H                  4.46350000   -4.11420000   -0.00090000
H                 -0.15920000   -5.36080000   -0.00090000
H                  2.32890000   -5.35670000   -0.00070000
H                  5.69670000   -1.94670000   -0.00080000
H                  4.40630000    2.66420000   -0.00010000
H                  1.91830000    2.66000000    0.00000000
C                 -0.34900000   -0.72210000   -0.00060000
O                 -1.57430000   -0.65110000   -0.00070000
O                  0.32180000    0.45710000   -0.00040000
Hg                -2.95140000   -3.16510000   -0.00060000

Hg 0
lanl2dz
****
C H O 0
6-31G*
****
Hg 0
lanl2dz

2、含内酯基的活性炭
%chk=D:\Gaussian 09 www\G09W\Scratch\neizhijiC16H7O2.chk
# opt=tight freq b3lyp/6-31G(d) int=ultrafine
Title Card Required
0 2
C                 -2.07199199   -4.20780612   -0.00062700
C                 -0.67914399   -4.20780612   -0.00062700
C                  0.02931901   -2.99932112   -0.00062700
C                 -0.68779399   -1.77471212   -0.00058900
C                 -2.10692799   -1.78404812   -0.00055900
C                 -2.78373799   -3.01046612   -0.00066200
C                  0.02099201   -0.52890712   -0.00037000
C                  1.44008001   -0.51958412   -0.00033500
C                  2.11692301    0.70690588   -0.00017800
H                  3.21710401    0.71977388   -0.00021000
C                  1.40520001    1.90417688   -0.00002700
C                  0.01228501    1.90417688    0.00000000
C                 -0.69614099    0.69574088   -0.00020800
C                 -2.13522799    0.65361188   -0.00041800
C                 -2.80604399   -0.52550612   -0.00057300
H                 -3.90661199   -0.55356012   -0.00109600
H                 -2.67353499    1.61395988   -0.00033600
H                 -2.61620999   -5.16428912   -0.00089000
H                 -3.88389499   -3.02329812   -0.00104200
H                  1.94932501    2.86074388   -0.00005200
H                 -0.53869299    2.85653788    0.00001800
C                  1.46837401   -2.95723912   -0.00056200
O                  2.15543395   -3.97422273   -0.00058346
O                  2.13919801   -1.77810512   -0.00047300
C H O 0
6-31G*



3、Hg的输入文件如下：

%chk=D:\Gaussian 09 www\G09W\Scratch\Hg(no opt)freq.chk
# freq b3lyp/lanl2dz int=ultrafine
Title Card Required
0 1
Hg                -0.01228501    1.14250613    0.00000000
Hg 0
lanl2dz

lianghuashou

这种类型的计算，很难跟实验值完全一致，只需要比较趋势就行了

lury719

lianghuashou 发表于 2018-3-25 16:04
这种类型的计算，很难跟实验值完全一致，只需要比较趋势就行了

那请问 我的输入文件是否正确呢

sobereva

活性炭的右上角的碳确定没有氢？

输入文件本身没什么大问题，但对于不使用gen/genecp的情况，输入文件末尾去写基组和赝势是多余的
对B3LYP也没有必要用ultrafine

lury719

首先，谢谢您的回复！其次，我不确定是按我图片中的哪个公式来计算的，两种方法都试了发现C16H9+Hg→C16H9Hg计算出来的吸附能和文献交接近，故计算含内酯基的活性炭纤维与汞反应就把右上角的H给删掉了，然而计算出来的吸附能还是完全跟文献不一样，您认为在这两种公式中，计算吸附能正确的是哪个呢？

lury719

还有x想问下碳汞的吸附高度是怎么算的呢

sobereva

lury719 发表于 2018-3-29 09:43
首先，谢谢您的回复！其次，我不确定是按我图片中的哪个公式来计算的，两种方法都试了发现C16H9+Hg→C16H9H ...

如果原文就是计算文章，应该已经交代了具体计算模型
第二种方式，相当于先把一个C-H键断掉，这个有点莫名其妙，没有理由自发地先断一个C-H键（需要耗费很多能量）之后才反应

sccc

lury719 发表于 2018-3-29 09:43
首先，谢谢您的回复！其次，我不确定是按我图片中的哪个公式来计算的，两种方法都试了发现C16H9+Hg→C16H9H ...

您好，这篇文献的信息能否告知一下呢？！我想学习一下文章中所用的活性炭的建模方法。谢谢！

liuyjhx

请问你这个优化可以收敛吗？我模拟过类似的，直接客体就变形了，我看你的这个结构也一个刚性体系，请教一下您是怎么建模的？

头骑单车

liuyjhx 发表于 2019-5-4 13:29
请问你这个优化可以收敛吗？我模拟过类似的，直接客体就变形了，我看你的这个结构也一个刚性体系，请教一下 ...

您好，我想问一下这个问题解决了吗？我也遇到了相同的问题