求助如何进行修饰的寡核苷酸配体和蛋白质对接对接

ikki328 · 发表于 Post on 2024-1-22 09:09:34

各位老师，我想进行修饰的寡核苷酸和蛋白质的对接。1.用Autodock尝试过，但是寡核苷酸可旋转键的数量（200）超过了Autodock配体最大可旋转键数量的限制（32），请问有其他软件或者工具可以进行这样的对接吗？
2.找到一些在线的网站比如Hdock，这些软件文献里说可以进行核酸和蛋白对接，将我的核酸和蛋白质PDB文件上传运行之后是可以跑出结果的，但因为配体不是完全单纯的核酸，还包括一些修饰的化学基团，不知道得到的结果是否可信？

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-22 22:50:18

如果修饰的寡核苷酸主体特征是普通核酸的结构，对接完了可以跑长时间的动力学试图自发得到更可靠的结构

ikki328 · 发表于 Post on 2024-1-23 09:31:36

本帖最后由 ikki328 于 2024-1-23 10:01 编辑

sobereva 发表于 2024-1-22 22:50
如果修饰的寡核苷酸主体特征是普通核酸的结构，对接完了可以跑长时间的动力学试图自发得到更可靠的结构

老师您好，不好意思，我比较小白，刚刚入门，我的配体主链是核苷酸骨架，只是部分基团的修饰，尝试使用了Autodock和薛定谔等软件，但都因为配体核苷酸过大（21bp）无法对接。从Hdock得到的结果来看，Hdock似乎将核酸链作为一整个刚性结构进行对接了，对接结果不太靠谱，请问还有什么软件可以进行这样较大分子的对接以及您讲到的动力学模拟？

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-23 19:51:20

ikki328 发表于 2024-1-23 09:31
老师您好，不好意思，我比较小白，刚刚入门，我的配体主链是核苷酸骨架，只是部分基团的修饰，尝试使用 ...

生物大分子对接一般都是用刚性模型。本来核酸的框架也比较刚性（相对于柔性小分子来说）
柔性导致的构象变化问题就通过之后做动力学来体现了

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