求救关于gmx rdf计算命令问题

xieliqiang

大家好，1）利用gmx rdf 命令，计算一个分子A质心和由40个分子B组成的团簇的质心的rdf如何弄啊？
gmx rdf -f trajout.xtc -s md.tpr -ref B -sel A  -n index.ndx -selrpos ？？？ -seltype？？？


2）利用gmx rdf 命令，40个分子B组成的团簇，如果计算其B分子上的某个原子C相对于团簇质心的rdf如何弄啊？
gmx rdf -f trajout.xtc -s md.tpr -ref B -sel C  -n index.ndx -selrpos ？？？ -seltype？？？

谢谢啦！

xieliqiang

/(ㄒoㄒ)/~~

wanzongliang

xieliqiang 发表于 2024-1-24 09:49
/(ㄒoㄒ)/~~

直接在index文件中定义想要的原子和集团，然后在rdf界面上分析
比如第一个定义A和40个B分别为俩个索引组，在rdf界面选这俩个索引分析就可以吧
二也一样

xieliqiang

Options to specify input files:

-f      [<.xtc/.trr/...>]  (traj.xtc)       (Opt.)
           Input trajectory or single configuration: xtc trr cpt gro g96 pdb
           tng
-s      [<.tpr/.gro/...>]  (topol.tpr)      (Opt.)
           Input structure: tpr gro g96 pdb brk ent
-n      [<.ndx>]           (index.ndx)      (Opt.)
           Extra index groups

Options to specify output files:

-o      [<.xvg>]           (rdf.xvg)
           Computed RDFs
-cn     [<.xvg>]           (rdf_cn.xvg)     (Opt.)
           Cumulative RDFs

Other options:

-b      <time>             (0)
           First frame (ps) to read from trajectory
-e      <time>             (0)
           Last frame (ps) to read from trajectory
-dt     <time>             (0)
           Only use frame if t MOD dt == first time (ps)
-tu     <enum>             (ps)
           Unit for time values: fs, ps, ns, us, ms, s
-fgroup <selection>
           Atoms stored in the trajectory file (if not set, assume first N
           atoms)
-xvg    <enum>             (xmgrace)
           Plot formatting: xmgrace, xmgr, none
-[no]rmpbc                 (yes)
           Make molecules whole for each frame
-[no]pbc                   (yes)
           Use periodic boundary conditions for distance calculation
-sf     <file>
           Provide selections from files
-selrpos <enum>            (atom)
           Selection reference positions: atom, res_com, res_cog, mol_com,
           mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com,
           whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com,
           part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog
-seltype <enum>            (atom)
           Default selection output positions: atom, res_com, res_cog,
           mol_com, mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com,
           whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com,
           part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog
-bin    <real>             (0.002)
           Bin width (nm)
-norm   <enum>             (rdf)
           Normalization: rdf, number_density, none
-[no]xy                    (no)
           Use only the x and y components of the distance
-[no]excl                  (no)
           Use exclusions from topology
-cut    <real>             (0)
           Shortest distance (nm) to be considered
-rmax   <real>             (0)
           Largest distance (nm) to calculate
-surf   <enum>             (no)
           RDF with respect to the surface of the reference: no, mol, res
-ref    <selection>
           Reference selection for RDF computation
-sel    <selection>
           Selections to compute RDFs for from the reference

GROMACS reminds you: "Just Because the Sun Wants a Place In the Sky" (F. Zappa)



我用的是：gmx rdf -f trajout.xtc -s md1.tpr -n index.ndx -selrpos mol_com -seltype mol_com 图形很好看，但不是我要的。
您说的直接选择，好像选择的不是40个B分子的质心呢：）

xieliqiang

xieliqiang 发表于 2024-1-27 20:50
Options to specify input files:

-f      []  (traj.xtc)       (Opt.)

这个rdf咋弄呢，原来g_rdf 直接加一个-com就可以了