求助：蛋白与配体分子模拟后RMSD分析该如何选择选项

lyjc19961209 · 发表于 Post on 2021-6-7 16:45:30

图1是我参考的一篇文献的RMSD图，3条线分别是复合物、蛋白、配体的RMSD图。
图2是我做的RMSD图，我的选项是：
复合物：最小二乘法（Backbone），RMSD计算（Protein_ligand）
蛋白：最小二乘法（Backbone），RMSD计算（Protein）
配体：最小二乘法（Backbone），RMSD计算（ligand），我算的配体是Heavy

但是我做出来的图发现蛋白和复合物的RMSD几乎是重合了，我想再现文献的图，请问我在计算RMSD的时候我应该分别选什么呢？
感谢各位赐教

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-7 17:23:01

算配体的时候叠合的组选配体

最小二乘法那是用来叠合，从而消除结构整体平动转动用的，搞清楚逻辑自然就知道该怎么选

lyjc19961209 · 发表于 Post on 2021-6-7 18:00:04

sobereva 发表于 2021-6-7 17:23
算配体的时候叠合的组选配体

最小二乘法那是用来叠合，从而消除结构整体平动转动用的，搞清楚逻辑自然就 ...

谢谢老师，有点理解了，我再深入学习下

MOI_001 · 发表于 Post on 2024-1-30 23:33:21

lyjc19961209 发表于 2021-6-7 18:00
谢谢老师，有点理解了，我再深入学习下

请问如果需要对配体、蛋白和复合物进行rmsd分析要怎么选择啊？

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