计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10441|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 酶与底物结合能能量分解所遇到的问题

[复制链接 Copy URL]

175

帖子

0

威望

3867

eV
积分
4042

Level 6 (一方通行)

请教大家一个问题
利用Amber中MMPBSA.py进行了能量分解

分解的delta值如图所示
该酶的催化残基为10ASP和120ASP,
但计算结果居然为正值,文献说正值不利于底物结合。。
感觉这个计算结果难以解释。。请教下这是什么原因
谢谢!

PS:蛋白-底物复合模型是利用 modeller 添加env.io.hetatm = True语句同源建模构建,序列与模板相似约为80%(包含该底物)
MD重复多次结果均相似


TIM截图20171029003845xx.png (20.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

TIM截图20171029003845xx.png

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2017-10-29 14:42:14 | 只看该作者 Only view this author
根据MMPBSA分解出的具体的项,与实际MD跑出来的结构进行对照,包括考虑位阻、原子电荷等特征,看能否对各个物理项能有个合理的解释
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

6

帖子

0

威望

96

eV
积分
102

Level 2 能力者

3#
发表于 Post on 2017-10-29 20:29:13 | 只看该作者 Only view this author
这个要学习

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 06:41 , Processed in 0.176666 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list