计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 754|回复 Reply: 14
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 高斯QM/MM对分子进行优化的时候总是出现小虚频

[复制链接 Copy URL]

154

帖子

0

威望

856

eV
积分
1010

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
高斯QM/MM对分子进行优化,高精度原子大概30个,低精度大概2000个。
关键词:# opt freq oniom(M062X/def2svp:uff)
用该关键词优化后有两个小虚频,于是想用Manual Displacement的方法消除虚频


保存新结构后重新用同样的关键词进行优化,结果还是存在一个虚频(大概-5左右的值)。
然后我又尝试换了一个泛函WB97XD,优化完还是有一个虚频存在(大概-7左右的值)。

想请教各位老师有没有什么好的建议,我主要想计算这个体系的能量。
后续还想找到过渡态,后续过渡态优化的时候还有什么需要注意的地方呢,怎么避免总是出现奇怪的虚频呢?
谢谢老师赐教。

415

帖子

5

威望

1659

eV
积分
2174

Level 5 (御坂)

鸩羽

2#
发表于 Post on 2024-11-26 22:30:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wal 于 2024-11-27 13:21 编辑

加个int=superfine看看
体感wb97xd和M062X优化柔性体系都很容易出这种小毛病

编辑:好像有人对体感颇有微词 我放一个最近用wb97xd优化的体系展示一下为什么我这样体感


评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
超限制抱怨 + 1 好一个体感

查看全部评分 View all ratings

某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

154

帖子

0

威望

856

eV
积分
1010

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-27 14:02:30 | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2024-11-26 22:30
加个int=superfine看看
体感wb97xd和M062X优化柔性体系都很容易出这种小毛病

非常感谢,按照你说的加上了,问题已解决!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120141

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-11-27 15:25:06 | 只看该作者 Only view this author
没事甭用M06-2X优化,下文明确说了
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

154

帖子

0

威望

856

eV
积分
1010

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-27 16:13:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 〇66 于 2024-11-27 16:17 编辑
sobereva 发表于 2024-11-27 15:25
没事甭用M06-2X优化,下文明确说了
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http:// ...

非常感谢sob老师答复。
我选用M06-2X的原因:后续还想得到在基态和激发态下,过渡态相对准确的能量,考虑到B3LYP可能没有M06-2X计算的精确,所以先选用了M06-2X直接进行优化。以后是不是可以先用B3LYP找到合适的结构,再用M06-2X计算能量。
另外想问一下老师,激发态的过渡态关键词这样写是否有误,oniom(td/opt=(calcfc,ts,noeigen)/M062X/def2svp:uff)

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120141

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2024-11-27 16:17:37 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2024-11-27 16:13
非常感谢sob老师答复。
我选用M06-2X的原因:后续还想得到在基态和激发态下,过渡态相对准确的能量,考 ...



别乱写/。opt写到ONIOM外头
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

154

帖子

0

威望

856

eV
积分
1010

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-27 18:28:58 | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2024-11-26 22:30
加个int=superfine看看
体感wb97xd和M062X优化柔性体系都很容易出这种小毛病

想麻烦问一下,体感是什么意思呢?

154

帖子

0

威望

856

eV
积分
1010

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-27 18:35:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-27 16:17


别乱写/。opt写到ONIOM外头

谢谢老师回复,麻烦再问一下老师
我用这样的关键词找过渡态,
# opt=(calcfc,ts,noeigen) oniom(td/m062x/def2svp:uff) int=superfine
这是输入文件: 04-ts.gjf (155.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)
在运行了半个小时后出现了报错,输出文件最后几行如下:
N-N= 2.377027957132D+03 E-N=-8.223887063858D+03  KE= 1.468836783183D+03
  Exact polarizability: 239.891  13.651 202.292   4.849  73.767 203.645
Approx polarizability: 275.068  -9.319 245.714  -6.739  75.337 262.687
Small Hessian and NAC in D1E.
Error termination via Lnk1e in /public/home/acgcwoz92l/software/g16/l701.exe at Wed Nov 27 17:33:09 2024.
Job cpu time:       1 days  5 hours 40 minutes  4.5 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours 27 minutes 51.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   2507 Int=      0 D2E=      0 Chk=     21 Scr=      1

这种情况该如何解决呢,谢谢老师!盼复


415

帖子

5

威望

1659

eV
积分
2174

Level 5 (御坂)

鸩羽

9#
发表于 Post on 2024-11-27 18:47:41 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2024-11-27 18:28
想麻烦问一下,体感是什么意思呢?

意思就是我根据自己的使用体验而对这两个泛函做出的评价
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

154

帖子

0

威望

856

eV
积分
1010

Level 4 (黑子)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-28 09:03:48 | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2024-11-27 18:47
意思就是我根据自己的使用体验而对这两个泛函做出的评价

你这个虚频好多好大呀哈哈哈

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120141

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2024-11-28 11:45:06 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2024-11-27 18:35
谢谢老师回复,麻烦再问一下老师
我用这样的关键词找过渡态,
# opt=(calcfc,ts,noeigen) oniom(td/m06 ...

当前计算没有任何意义,原子电荷都没指定

加上原子电荷定义,并改成ONIOM(td PBE1PBE/def2svp:UFF),没必要int=superfine。而且MM描述的分子根本没必要那么多,包围中心分子一两圈就够了,而且边缘原子必须冻结
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

154

帖子

0

威望

856

eV
积分
1010

Level 4 (黑子)

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-28 14:44:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-27 16:17


别乱写/。opt写到ONIOM外头

老师 我用了这个关键词 后面出现了这样的报错# opt=(calcfc,ts,noeigen) oniom(td/m062x/def2svp:uff)
Exact polarizability: 239.856  13.626 202.289   4.829  73.752 203.629
Approx polarizability: 275.068  -9.319 245.714  -6.739  75.336 262.687
Small Hessian and NAC in D1E.
Error termination via Lnk1e in /public/home/acgcwoz92l/software/g16/l701.exe at Thu Nov 28 09:56:17 2024.
Job cpu time:       0 days 15 hours  4 minutes 15.7 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours 14 minutes  9.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   2507 Int=      0 D2E=      0 Chk=     30 Scr=      1


后面加上了int=superfine还是有同样的报错,还有什么解决方法吗,谢谢老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120141

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2024-11-28 17:09:53 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2024-11-28 14:44
老师 我用了这个关键词 后面出现了这样的报错# opt=(calcfc,ts,noeigen) oniom(td/m062x/def2svp:uff)
...

我该说的都说了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

154

帖子

0

威望

856

eV
积分
1010

Level 4 (黑子)

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-30 13:26:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-28 11:45
当前计算没有任何意义,原子电荷都没指定

加上原子电荷定义,并改成ONIOM(td PBE1PBE/def2svp:UFF), ...

谢谢老师指点。我还是有几个问题想问一下老师:1. 我主要是想看激发态过渡态的能量,用PBE1PBE计算的话,能量计算出来的精度会不会不够呀?2. 麻烦问一下什么加原子电荷定义呢?感谢老师答复!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120141

管理员

公社社长

15#
发表于 Post on 2024-12-2 05:00:12 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2024-11-30 13:26
谢谢老师指点。我还是有几个问题想问一下老师:1. 我主要是想看激发态过渡态的能量,用PBE1PBE计算的话, ...


参考下文
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 22:06 , Processed in 0.235827 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list