计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 5460|回复 Reply: 17
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VASP] AOCC—AOCl 4.0 安装VASP 6.4.2

[复制链接 Copy URL]

34

帖子

0

威望

313

eV
积分
347

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 Janus 于 2023-10-30 12:03 编辑

AMD的9654成为最近热议话题,随Zen4一同到来的还有AMD开发的aocc和aocl,以及vasp官方所提供的基于aocc和aocl编译的makefile.include模板。
我花费半个小时把AOCC 和AOCL编译的教程整理了哈,发出来,抛砖硬玉,希望牛人提出改进和调优的方法。
所需软件:
1. VASP 6.4.2 (没有最新代码的,可以考虑闲鱼、淘宝等手段淘一个源码,价格不会超过20);
2. AOCC  AOCl 最好是最新版;
3. GLIBC 2.27及以上,这个好像有要求,我周末尝试了超算上编译,能能成功编译,但是运行各种bug;
4. 如果系统较新、或者有root权限,就没啥问题。超算上的系统实在太古老了,可以考虑singularity镜像。

安装过程(主要借鉴知乎上:“AMD全家桶(AOCC+AOCL)编译vasp.5.4.4”):
1. AOCC安装:解压AOCC,./install.sh安装,然后source setenv_AOCC.sh 配置环境。which clang 查看是否已经成功安装。
2. AOCL安装:解压AOCL,./install.sh -t /opt/xxx 安装到指定路径;进入到安装的路径,source amd-libs.cfg 配置AOCL的环境。
3. OpenMPI安装:解压安装文件,./configure CC=clang CXX=clang++ FC=flang --prefix=/xxxx;make && make install  (注:知乎教程中CC=clang....写在前面,会导致安装opemmpi不会调用clang等);指定哈路径:MPI_HOME=/usr/local; export PATH=${MPI_HOME}/bin:$PATH; export LD_LIBRARY_PATH=${MPI_HOME}/lib:$LD_LIBRARY_PATH; export MANPATH=${MPI_HOME}/share/man:$MANPATH
4. 安装vasp:检查一下环境,which mpirun, which clang....
修改template file,arch中有makefile.include.aoccxxxx,进去把aocl的路径文件写进去就ok了。
VASP_TARGET_CPU ?= -march=znver4
BLAS, LAPACK, scalAPACK, FFTW的root file 的位置,都写成aocl的文件夹的绝对位置。
给个例子:AMDSCALAPACK_ROOT ?= /opt/amd/aocl.4.1.0/4.1.0/aocc

改完以后,make all 就能编译了。

注:
1. 上述教程并非原创,参考了知乎“AMD全家桶(AOCC+AOCL)编译vasp.5.4.4”的绝大部分内容,若有任何侵权,请联系我,我立刻做删除处理;
2. 写的比较简单,建议稍微有点安装基础的用户尝试;
3. 系统过于老旧,失败概率非常大,可以考虑singularity,具体方法同上,只是找一个有root权限的机器即可;
4. 安装vasp的时候,并行编译很可能会报错,例如使用 make -j20之类的。建议不要并行;
5. Openmpi编译有两种,可以设置MPI+OPENMP,整体过程同上,在arch用另外一个模板就行;
6. Intel下,mpirun -np xxx 基本上就能让运行速度大差不差的,但是amd下可能需要设置哈,具体设置方法可以参考“AMD EPYC 9754 & 9654基准测试:量子化学和第一性原理计算程序”;
7. keinsci中已经有几个安装教程,希望结合起来看看,安装没问题。
8. 整个过程耗时在1小时以内,Openmpi耗时会长一点,建议并行可大幅缩短时间,例如 make -j40;vasp这一步,可以先 make all -j4,报错后不make veryclean,直接 make all。这种方法对测试没问题,如果打算长时间用,还是就挂一个screen,让软件慢慢编译吧。
9. 编译的系统:我是租了个工作站,让安装的是ubuntu 22.04,有root权限,拿回来后update gfortran gcc等,update了必要的库。然后就开始安装了。碰到问题,就apt-get install 或者update一下,这些也没做记录,不记得了。

最后:希望这个帖子能把玉引出来;在AMD服务器下,软件的安装、调优方法以及各类tricks 较intel少很多,希望懂行的人能够分享一点经验,让服务器运行的更快、更稳、更简单。


评分 Rate

参与人数
Participants 5
eV +24 收起 理由
Reason
Picardo + 5 谢谢
PGA1293 + 1
乐平 + 5 赞!
sobereva + 8
ggdh + 5 GJ!

查看全部评分 View all ratings

197

帖子

1

威望

1104

eV
积分
1321

Level 4 (黑子)

2#
发表于 Post on 2023-10-30 12:10:48 | 只看该作者 Only view this author
感谢楼主,速度如何,尤其是相比于intel oneapi那一套?

34

帖子

0

威望

313

eV
积分
347

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-30 16:07:29 | 只看该作者 Only view this author
Weldingspock 发表于 2023-10-30 12:10
感谢楼主,速度如何,尤其是相比于intel oneapi那一套?

我是之前考虑买amd还是intel,租了3小时的机器,测了哈单路9654的性能。跑了几个自己常用的vasp小任务,能打过双路8375C和双路8336C。CP2K完胜双路8375C。其他的没有测试。

9

帖子

0

威望

212

eV
积分
221

Level 3 能力者

4#
发表于 Post on 2023-10-30 17:02:13 | 只看该作者 Only view this author
前段时间折腾了下自己的7950x,有的任务比oneapi快有的比oneapi慢,没找到原因。

903

帖子

37

威望

5324

eV
积分
6967

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2023-10-30 21:09:48 | 只看该作者 Only view this author
直接把标题改成aocc 4.1得了。。

34

帖子

0

威望

313

eV
积分
347

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-30 22:34:44 | 只看该作者 Only view this author
zhaovic 发表于 2023-10-30 17:02
前段时间折腾了下自己的7950x,有的任务比oneapi快有的比oneapi慢,没找到原因。

用intel mkl建议选择 2020年之前的parallel studio,然后export xxx =5, export xxx,强制调用avx 2
现在基于amd的超算都是这么干的,好像速度比oneapi快。

55

帖子

0

威望

2359

eV
积分
2414

Level 5 (御坂)

7#
发表于 Post on 2023-10-31 00:29:07 | 只看该作者 Only view this author
安装openmpi(v4.1.5)的时候出现如下报错,真的头大。去掉FC=flang选项就可以了,求助啊!
*********************************************************************
* It appears that your Fortran compiler is unable to produce working
* executables.  A simple test application failed to properly
* execute.  Note that this is likely not a problem with Open MPI,
* but a problem with the local compiler installation.  More
* information (including exactly what command was given to the
* compiler and what error resulted when the command was executed) is
* available in the config.log file in the Open MPI build directory.
**********************************************************************
configure: error: Could not run a simple Fortran program.  Aborting.

34

帖子

0

威望

313

eV
积分
347

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-31 08:25:46 | 只看该作者 Only view this author
Quantum198907 发表于 2023-10-31 00:29
安装openmpi(v4.1.5)的时候出现如下报错,真的头大。去掉FC=flang选项就可以了,求助啊!
************* ...

不知道耶,我是从一个干净的系统安装的。
flang? 试着which gfortran ?是不是没装gfortran?
具体我不了解

55

帖子

0

威望

2359

eV
积分
2414

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2023-11-4 20:10:13 | 只看该作者 Only view this author
Janus 发表于 2023-10-31 08:25
不知道耶,我是从一个干净的系统安装的。
flang? 试着which gfortran ?是不是没装gfortran?
具体我 ...

都搞好了的

2

帖子

0

威望

13

eV
积分
15

Level 1 能力者

10#
发表于 Post on 2023-11-23 16:08:12 | 只看该作者 Only view this author
Janus 发表于 2023-10-30 16:07
我是之前考虑买amd还是intel,租了3小时的机器,测了哈单路9654的性能。跑了几个自己常用的vasp小任务, ...

HI 我这里有环境 但不知道具体如何测试 可以一起研究吗?免费算力提供 可以联系 13913560476

54

帖子

0

威望

683

eV
积分
737

Level 4 (黑子)

11#
发表于 Post on 2023-12-4 19:58:24 | 只看该作者 Only view this author
Quantum198907 发表于 2023-10-31 00:29
安装openmpi(v4.1.5)的时候出现如下报错,真的头大。去掉FC=flang选项就可以了,求助啊!
************* ...

我的系统是Centos Stream
遇到这个问题后,yum install gcc-gfortran。
然后重新执行configure语句就可以了

18

帖子

0

威望

335

eV
积分
353

Level 3 能力者

12#
发表于 Post on 2023-12-16 17:34:03 | 只看该作者 Only view this author
大佬方便分享一下您9654服务器的具体配置吗?组里也想配一台,谢谢.另外,它会不会噪声特别大,放办公室合不合适?

34

帖子

0

威望

313

eV
积分
347

Level 3 能力者

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-18 18:27:45 | 只看该作者 Only view this author
xaver2010 发表于 2023-12-16 17:34
大佬方便分享一下您9654服务器的具体配置吗?组里也想配一台,谢谢.另外,它会不会噪声特别大,放办公室合不合 ...

我配的是 单路9654,384G三星内存,2T 固态,超微的主板。
因为是机架式的,声音有点大
放办公室,塔式声音可能小点,您问问商家

18

帖子

0

威望

335

eV
积分
353

Level 3 能力者

14#
发表于 Post on 2023-12-18 22:58:44 | 只看该作者 Only view this author
Janus 发表于 2023-12-18 18:27
我配的是 单路9654,384G三星内存,2T 固态,超微的主板。
因为是机架式的,声音有点大
放办公室,塔式 ...

嗯嗯,好叻,谢谢谢谢

24

帖子

0

威望

378

eV
积分
402

Level 3 能力者

15#
发表于 Post on 2023-12-28 17:08:58 | 只看该作者 Only view this author
zhaovic 发表于 2023-10-30 17:02
前段时间折腾了下自己的7950x,有的任务比oneapi快有的比oneapi慢,没找到原因。

请问一下,你装的是什么系统?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 23:20 , Processed in 0.191033 second(s), 28 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list