“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办,这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会!请点击此链接查看详情和报名方式,欢迎参加!

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会!报名正在进行中,请点击此链接查看详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 114|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 请教用GROMACS做蛋白拉伸和用NAMD的区别

[复制链接 Copy URL]

81

帖子

0

威望

311

eV
积分
392

Level 3 能力者

我之前一直在使用gromacs进行模拟,老师让我接触做蛋白拉伸。
我去查文献,很多都是使用NAMD做的。老师说gromacs做不好,得用NAMD。
我想请问做拉伸蛋白就是得用NAMD还是两个没有区别呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126152

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2026-4-3 11:23:43 | 只看该作者 Only view this author
蛋白质拉伸用GROMACS非常好,非常适合,恰当做pull设置就能实现。没有额外前提的情况下,没有任何理由为了干这个而刻意改用NAMD。你的老师有严重偏见,或者话没说全、语境没交代完整
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

81

帖子

0

威望

311

eV
积分
392

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-4-3 15:21:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-3 11:23
蛋白质拉伸用GROMACS非常好,非常适合,恰当做pull设置就能实现。没有额外前提的情况下,没有任何理由为了 ...

他后续可能想做金属表面的蛋白拉伸,不知道gromacs能否实现?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126152

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2026-4-4 11:51:28 | 只看该作者 Only view this author
王涛 发表于 2026-4-3 15:21
他后续可能想做金属表面的蛋白拉伸,不知道gromacs能否实现?

非常可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-14 02:20 , Processed in 0.152184 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list