关于绘制Hirshfeld surfaces和Fingerprint plot的几点问题？

L228870573 · 发表于 Post on 2024-2-14 09:56:38

图1:

上图中是一对离子与CO2作用的Hirshfeld surfaces图，这个图我会画，但是下面这个图我不明白怎么绘制出来的。
首先，下面这个图是由3个图1组成，我最初以为是将图1中结构复制了3份放一起在Gaussian中计算得到的，但是发现图2中两侧结构和中间红框部分结构完全一致，如果是Gaussian优化过的不应当这样标准，难道是将图1中结构在Gaussian中复制成3份放到一起，并没有优化而绘制的吗？如果是这样的话，那结果能可靠吗？
其次是图2中4个Fingerprint plot，是按照Multiwfn手册中4.12.6中Fingerprint plot for local contact surface标题下这样的方法得到的吗？
图2：

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-14 12:18:40

文献里可能是从晶体中抠出来的簇绘制的，并且作图时将簇的部分分子隐去了

就是按Multiwfn手册里说的绘制

L228870573 · 发表于 Post on 2024-2-14 19:06:43

sobereva 发表于 2024-2-14 12:18
文献里可能是从晶体中抠出来的簇绘制的，并且作图时将簇的部分分子隐去了

就是按Multiwfn手册里说的绘制

可是这并不是晶体，不是周期性结构，就是一对离子和CO2，这样怎么能绘制出来这种闭合的效果呢

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-15 13:53:07

L228870573 发表于 2024-2-14 19:06
可是这并不是晶体，不是周期性结构，就是一对离子和CO2，这样怎么能绘制出来这种闭合的效果呢

原理上没法实现。图上明显能看出边界有棱有角，不像是孤立体系的情况

参考下文里的孤立体系的Hirshfeld surface都是什么样的
使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
http://sobereva.com/701（http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html）

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