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[新手求助] 重叠密度与跃迁偶极矩密度图怎么做

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有人做过这种图吗?看着应该是在G-view中得到的,但这种重叠密度及跃迁偶极矩密度不知道是怎么设的,求高手指点

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发表于 Post on 2016-10-24 15:10:57 | 只看该作者 Only view this author
我记得是sob老师手册 4.18章节。
理论是3.21章节。
之前我作图的时候做过,记不太清出来,你查查是哪个章节。手机回复,没看手册。
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发表于 Post on 2016-10-24 15:37:17 | 只看该作者 Only view this author
Multiwfn手册4.18.1节有例子
可以直接在Multiwfn里显示,也可以让Multiwfn导出相应的cube文件后在gview、VMD等第三方程序里绘制等值面
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-24 16:13:05 | 只看该作者 Only view this author
小范范1989 发表于 2016-10-24 15:10
我记得是sob老师手册 4.18章节。
理论是3.21章节。
之前我作图的时候做过,记不太清出来,你查查是哪个章 ...

嗯嗯,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-24 16:14:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-24 15:37
Multiwfn手册4.18.1节有例子
可以直接在Multiwfn里显示,也可以让Multiwfn导出相应的cube文件后在gview、V ...

嗯,非常感谢!

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发表于 Post on 2016-10-24 19:48:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 冰释之川 于 2016-10-24 19:52 编辑

顺便插一句,为什么 overlap density 会有两种颜色(正负)?  我看 4.18.1例子里 就一个颜色,代表重叠区域啊?是不是因为定义是min(hole,electron),有可能会取到 hole部分?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-24 19:59:16 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2016-10-24 19:48
顺便插一句,为什么 overlap density 会有两种颜色(正负)?  我看 4.18.1例子里 就一个颜色,代表重叠区 ...


这是手册上写的

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发表于 Post on 2016-10-24 20:41:30 | 只看该作者 Only view this author

那是针对 电子密度差图的,我好奇重叠密度是怎么回事,重叠密度里的 黄/蓝代表什么? 也是电子密度增加、减小?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-24 20:56:54 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2016-10-24 20:41
那是针对 电子密度差图的,我好奇重叠密度是怎么回事,重叠密度里的 黄/蓝代表什么? 也是电子密度增加、 ...

确实是,我也不理解怎么会有两种颜色,文章中说的是代表正负

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-24 21:13:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-24 15:37
Multiwfn手册4.18.1节有例子
可以直接在Multiwfn里显示,也可以让Multiwfn导出相应的cube文件后在gview、V ...

Sob老师您好,我想问下在gview里做这种图要怎么操作啊?还有就是教程做出来的重叠密度图只有一种颜色,与FIG.4中的怎么不太一样啊?

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发表于 Post on 2016-10-25 07:03:15 | 只看该作者 Only view this author
冰释之川 发表于 2016-10-24 20:41
那是针对 电子密度差图的,我好奇重叠密度是怎么回事,重叠密度里的 黄/蓝代表什么? 也是电子密度增加、 ...

“重叠密度”这种语焉不详,不给出明确定义的概念不要用它
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发表于 Post on 2016-10-25 07:06:16 | 只看该作者 Only view this author
叫我易小星 发表于 2016-10-24 21:13
Sob老师您好,我想问下在gview里做这种图要怎么操作啊?还有就是教程做出来的重叠密度图只有一种颜色,与 ...


gview没法直接作出这种图,必须用Multiwfn做。至多只能用gview载入multiwfn产生的对应的cube文件再显示等值面,gview才没那能力去计算相应的数据。gview载入cube文件后在results-surface/contour界面里设定等值面的显示。

文中根本没写清楚怎么定义所谓的重叠密度的。八成他指的重叠密度就是跃迁密度。手册4.18.1节的例子给了跃迁密度图(You will see left graph below, which exhibits the transition density in real space representation那段话下面作图),明显有正负。
我特别反感文献乱用名词还不写清楚定义,造成读者confusing。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-25 08:34:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 叫我易小星 于 2016-10-25 08:41 编辑
sobereva 发表于 2016-10-25 07:06
gview没法直接作出这种图,必须用Multiwfn做。至多只能用gview载入multiwfn产生的对应的cube文件再显示 ...

嗯,谢谢老师,还想问下分析跃迁偶极矩密度时X,Y ,Z分量怎么判断自己要选取哪个?

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发表于 Post on 2016-10-25 09:26:46 | 只看该作者 Only view this author
叫我易小星 发表于 2016-10-25 08:34
嗯,谢谢老师,还想问下分析跃迁偶极矩密度时X,Y ,Z分量怎么判断自己要选取哪个?

up to you。
可以都考察,或者比如只有一个大的,就考察那个大的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-25 12:40:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-25 09:26
up to you。
可以都考察,或者比如只有一个大的,就考察那个大的。

OK,再次感谢!

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