如何提取轨迹某一帧，续跑并覆盖原先的轨迹

CHJ2841666311

各位老师好，我想在原来模拟结果的基础上，选取第88ns的轨迹，重新续跑12ns，然后直接把原先轨迹文件中的后12ns覆盖，请问各位老师能实现吗？
我看了论坛帖子，可以提取轨迹文件输出gro结构作为输入文件，并且关注gro文件是有速度信息的（如下），除了第88帧的gro文件，还需要哪些文件？是不是可以理解为跟跑完nvt和npt之后，进行成品模拟一样。原先的参数文件改一下时间就可以。如果这样操作的话，会单独生成结果文件，轨迹需要自己再重新拆分合并了。
    1MET      N    1   8.005   4.007   3.142 -0.2148  0.2989  0.4253
    1MET    HT1    2   7.935   4.053   3.081 -1.3659 -1.2231  0.5258
    1MET    HT2    3   8.057   3.928   3.099  0.1492  1.6889 -1.8238
    1MET    HT3    4   8.070   4.080   3.177 -0.1867  0.3973  0.1664
    1MET     CA    5   7.920   3.945   3.260 -0.2582  0.2046 -0.0378
    1MET     HA    6   7.989   3.902   3.331 -2.7025 -0.8978  1.8002
    1MET     CB    7   7.844   4.063   3.339 -0.1425  0.1707 -0.0092
    1MET    HB1    8   7.743   4.085   3.299 -0.7479  1.2557  2.0142

sobereva

可以基于这个gro续算，但不可能完全精确延续之前的状态，gro文件记录的数据精度有限，而且热浴状态等信息只有在cpt里才精确体现
跑完后，可以用trjconv把原轨迹切割，再用trjcat合并成新轨迹

CHJ2841666311

sobereva 发表于 2024-3-5 02:40
可以基于这个gro续算，但不可能完全精确延续之前的状态，gro文件记录的数据精度有限，而且热浴状态等信息只 ...

好的，谢谢sob老师，我试试看。

CHJ2841666311

sobereva 发表于 2024-3-5 02:40
可以基于这个gro续算，但不可能完全精确延续之前的状态，gro文件记录的数据精度有限，而且热浴状态等信息只 ...

sob老师，我试了基于gro结构续算，得到的轨迹和前面计算得到的差别有点大。我想问问有什么方法可以完全延续之前的状态吗？

sobereva

CHJ2841666311 发表于 2024-3-5 15:33
sob老师，我试了基于gro结构续算，得到的轨迹和前面计算得到的差别有点大。我想问问有什么方法可以完全延 ...

没办法
只有cpt文件才能实现精确延续

CHJ2841666311

sobereva 发表于 2024-3-6 03:20
没办法
只有cpt文件才能实现精确延续

好的，谢谢sob老师。