OVITO计算RDF求助

yyyyya · 发表于 Post on 2024-2-3 09:14:34

我想用ovito计算一个分子全部O原子和另一个分子全部S原子的RDF 但其中一个分子的O原子有两个type 这种情况的话用select type 选中这两种O原子和S原子然后用coordination analysis里面的use only selected particles 计算是对的吗

sweetbotsu · 发表于 Post on 2024-2-18 10:51:40

是对的

yyyyya · 发表于 Post on 2024-2-19 13:38:46

sweetbotsu 发表于 2024-2-18 10:51
是对的

但是这样的话会有一个问题 ovito会以哪个原子为中心原子计算RDF呢这不一定能得到我想要的结果吧如果不选select type 可以得到O1-S 和O2-S的RDF 这样我可以通过取它们的平均值得到O-S的RDF数值吗这个平均值我发现是和我用select type选两种O和S计算得到的RDF完全不同的

sweetbotsu · 发表于 Post on 2024-2-21 13:55:53

yyyyya 发表于 2024-2-19 13:38
但是这样的话会有一个问题 ovito会以哪个原子为中心原子计算RDF呢这不一定能得到我想要的结果吧如 ...

1. rdf和以哪个原子为中心没有关系啊，rdf算的是分子对之间密度随距离的分布，而且经过了归一化，以O或者S算出来的结果都是一样的。
2. O1-S和O2-S似乎确实有两个rdf，我想简单一点的办法是根据O1和O2的个数，计算出O1-S和O2-S的对数之后进行rdf的加权平均，也可能有一些更复杂的选择方法，可以把O1和O2并到一起？

yyyyya · 发表于 Post on 2024-2-22 13:04:58

本帖最后由 yyyyya 于 2024-2-22 13:06 编辑

sweetbotsu 发表于 2024-2-21 13:55
1. rdf和以哪个原子为中心没有关系啊，rdf算的是分子对之间密度随距离的分布，而且经过了归一化，以O或者 ...

大概明白了非常感谢

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