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[GROMACS] 计算RDF的积分后,无法求出配位数,该如何调整算法

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Level 4 (黑子)

各位老师,审稿人说the radial distribution functions and coordination numbers for the system should be calculated,我的体系是共价有机框架(COF)物理吸附芳香型有机物(双酚A),我计算RDF的积分(参考组选COF分子,被计算的组选所有双酚A分子),计算结果如图,图中表明配位数是0。
想请教一下如何调整参考组和被计算的组,更有希望获得配位数?审稿人要求必须求出配位数


因为审稿人说的非常笼统,没具体说计算谁的配位数,所以我打算调整参考组和被计算的组,比如参考组选COF中的氮原子,被计算的组选择水分子中的氧。但我不清楚怎么调整能获得配位数,盲目调整会浪费很多时间,所以想请教一下各位,谢谢老师~


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Level 2 能力者

2#
发表于 Post on 2024-2-24 22:57:57 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主解决了吗,我也有这样疑惑

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