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[GROMACS] 如果只对蛋白质部分区域进行rmsd,应该如何操作?

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各位老师好,我用gromacs进行了膜蛋白配体复合物的分子动力学模拟,分析结果发现rmsd波动较大,并没有收敛。我用vmd查看轨迹发现主要是末端发生较大的变动,叠加了rmsd较小和较大的时候的蛋白结构,也是末端变化大,配体结合区域(跨膜空腔)没有较大的变动。我想请问一下大家,如果我忽略掉末端变化,只对结合区域附近做rmsd分析,需要先做什么说明吗?此外,如何只对一部分氨基酸进行rmsd分析呢?
我在其他帖子看到,如果末端区域对研究内容没有影响的话,就可以忽略末端区域,只对结合区域进行rmsd分析。

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发表于 Post on 2024-2-23 21:21:59 | 只看该作者 Only view this author
VMD的RMSD trajectory tool插件左上角的文本框可以自己输入要对哪个区域做align、算RMSD,写恰当的选择语句即可,参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-23 22:08:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-23 21:21
VMD的RMSD trajectory tool插件左上角的文本框可以自己输入要对哪个区域做align、算RMSD,写恰当的选择语句 ...

非常谢谢sob老师的回答。还想请问一下老师,对蛋白质部分区域做rmsd分析的情况多吗?您是否有看到相关文章,我想仔细了解清楚。

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发表于 Post on 2024-2-24 00:50:55 | 只看该作者 Only view this author
CHJ2841666311 发表于 2024-2-23 22:08
非常谢谢sob老师的回答。还想请问一下老师,对蛋白质部分区域做rmsd分析的情况多吗?您是否有看到相关文 ...

肯定非常多
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-24 12:20:14 | 只看该作者 Only view this author
好的,非常感谢老师。

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