求助气液界面上过度态势垒是怎么通过cp2k得到的

WSM2020 · 发表于 Post on 2024-2-24 18:59:15

在附件中有三幅图，这是文献中，乙二醛和二甲胺，在两个水分子介导下的反应。该反应发生在一个大约30个水分子组成的水球。从左到右第一幅图是使用cp2k，做的BOMD模拟图。第二幅图是，选择两个原子之间的距离随时间的变化图。我想问，第三幅图，能量的变化图，是怎么通过cp2k得到的。从而得到反应物，过渡态的能量。

七尺贱 · 发表于 Post on 2024-2-26 12:19:34

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chema · 发表于 Post on 2024-2-26 16:19:01

七尺贱发表于 2024-2-26 12:19
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老师您好，请教一下，如果选择涉及反应的所有分子，计算其能量随时间的变化，趋势也是先升高后降低，这种曲线是否具有物理意义，能否作为发生不同路径反应难易程度的对比依据

ghifi37 · 发表于 Post on 2024-2-26 18:51:38

借帖一问，用MD研究某个反应的过渡态，除了目标原子外，其它非相关原子也在运动，都会影响总体能量。那是如何获得较为准确的能垒？

WSM2020 · 发表于 Post on 2024-2-27 22:26:21

本帖最后由 WSM2020 于 2024-2-27 22:28 编辑

七尺贱发表于 2024-2-26 12:19
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谢谢老师，按照您所说的，可惜我没有这方面的基础，没能学会，方便加微信教我吗，有偿求学

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[新手求助] 求助气液界面上过度态势垒是怎么通过cp2k得到的