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[GROMACS] MD模拟到第34612465步,报错:One or more water molecules can not be settled.

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初学gromacs,进行MD模拟时到第34612465步,报错:One or more water molecules can not be settled.我看了一下这一步的pdb,有一个配位水分子的H好像跑了,但是之前的操作我把配位水分子当作了配体看,通过gmx的命令生成了他的itp文件引入了top文件。溶剂水分子用settles限定(直接采取的mcpb.py的top结果),我排查了top,但因为知识欠缺,有点排查不出来。附件是md的mdp文件。出错那步的pdb和拓扑文件太大无法上传,部分以截图展示。谢谢各位大佬指教




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拓扑文件之-溶剂水分子

拓扑文件之-溶剂水分子

202403061011502435..png (208.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

拓扑文件之-配位水分子

拓扑文件之-配位水分子

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发表于 Post on 2024-3-6 14:54:48 | 只看该作者 Only view this author
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-6 16:11:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-6 14:54
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

谢谢老师!

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