gromacs做NPT动力学模拟的结果随升温速率变化这么大吗？原因是什么？

wanlichuan

大家好，我想做一个晶体材料的NPT升温动力学，目标温度550K，用同一个结构和同一个top文件，步长、热浴和压浴及时间常数等参数都保持不变，只改变升温速率。升高5°所需时间分别设置了2ps、5ps、10ps、20ps和40ps五种速率。但是得到的结果出现了两种情况，一种是有相变的（10ps），一种是没有相变的（2ps、5ps、20ps、40ps），五种情况的mdp文件和结果文件（温度、密度与时间的关系）见附图。为什么会出现这种情况呢？请指教。

sobereva

不一定是升温速度的原因。动力学本来就有随机性，即便同一个升温速度反复跑10遍，都有可能得到有和没有相变的结果。所以每个升温速度应该重复跑多次得到统计信息

另参考下文
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

wanlichuan

好的，谢谢社长。知道会有一些随机因素导致重现性低，但是没想到会有这么大的定性差别。