求助：GROMACS用TI算吸附自由能时lambda设置问题

活性炭 · 发表于 Post on 2021-4-30 20:44:18

我用如下图1中的lambda间距进行采样（共计41个采样窗口），但是结果不太理想，窗口的重叠度不好（重叠矩阵见图2）。请问该如何调整采样窗口的lambda设置来重新计算呢？

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-5-2 03:19:20

-replex 1000 -nex 1000000

活性炭 · 发表于 Post on 2021-5-2 09:21:35

wuzhiyi 发表于 2021-5-2 03:19
-replex 1000 -nex 1000000

谢谢您的回复！请问是在mdrun中加上这两个参数重新进行窗口采样的模拟吧？那么lambda还需重新设置吗？

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-5-2 16:31:33

活性炭发表于 2021-5-2 09:21
谢谢您的回复！请问是在mdrun中加上这两个参数重新进行窗口采样的模拟吧？那么lambda还需重新设置吗？

不需要

活性炭 · 发表于 Post on 2021-5-2 16:42:44

wuzhiyi 发表于 2021-5-2 16:31
不需要

谢谢您的回复！再请问下加上这两个参数是只重新跑重叠度不好的lambda采样窗口呢？还是所有采样窗口均需加上这两个参数之后重新跑呢？

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-5-2 21:00:56

所有窗口加上这样两个参数一起跑

活性炭 · 发表于 Post on 2021-5-3 09:21:09

wuzhiyi 发表于 2021-5-2 21:00
所有窗口加上这样两个参数一起跑

好的，谢谢您！

活性炭 · 发表于 Post on 2021-5-4 15:50:39

wuzhiyi 发表于 2021-5-2 21:00
所有窗口加上这样两个参数一起跑

您好！我加上这两个参数跑了，但是报错提示如下：
Fatal error:
Need at least two replicas for replica exchange (option -multi)
应该是要加上 -multi 这个选项，但是我不太理解 -multi 选项的具体用法，望指导！

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-5-4 17:38:17

假设你有4个窗口 lambda.1 ~ lambda.4
gmx mdrun -deffnm prod -multidr lambda.1 lambda.2 lambda.3 lambda.4 -replex 1000 -nex 1000000

活性炭 · 发表于 Post on 2021-5-4 18:01:00

wuzhiyi 发表于 2021-5-4 17:38
假设你有4个窗口 lambda.1 ~ lambda.4
gmx mdrun -deffnm prod -multidr lambda.1 lambda.2 lambda.3 lamb ...

谢谢您的回复！这下懂了，我重新跑下。

活性炭 · 发表于 Post on 2021-6-25 15:37:04

wuzhiyi 发表于 2021-5-4 17:38
假设你有4个窗口 lambda.1 ~ lambda.4
gmx mdrun -deffnm prod -multidr lambda.1 lambda.2 lambda.3 lamb ...

您好，加上这两个参数之后有几个窗口的重叠度依旧不是很好，如下图所示，烦请您看看有什么解决方法。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-6-25 23:58:43

活性炭发表于 2021-6-25 15:37
您好，加上这两个参数之后有几个窗口的重叠度依旧不是很好，如下图所示，烦请您看看有什么解决方法。

多加点窗口

活性炭 · 发表于 Post on 2021-6-28 09:13:30

wuzhiyi 发表于 2021-6-25 23:58
多加点窗口

谢谢您的回复！但是增加采样窗口的话我还有个疑问想请教您一下。例如我的lambda设置如下，共11个采样窗口：
vdw-lambdas  = 0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50
coul-lambdas  = 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
假如，第二（vdw-lambda=0.05）、第三（vdw-lambda=0.10）、第四（vdw-lambda=0.15）这三个采样窗口的重叠度不好，我新增两个（vdw-lambda=0.075、vdw-lambda=0.0.125）采样窗口，这样的话，是得用如下的lambda设置把13个采样窗口都重新跑一遍吗？
vdw-lambdas  = 0.00 0.05 0.075 0.10 0.0.125 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50
coul-lambdas  = 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00    0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
我发现如果单独跑这两个新增的采样窗口，也就是用如下的lambda设置，跑完的dhdl没法儿跟其他的一起来分析，会报错：
vdw-lambdas  = 0.075 0.0.125
coul-lambdas  = 0.00 0.00

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-6-30 18:28:38

你可以用mdrun -rerun来重新生成dhdl

活性炭 · 发表于 Post on 2021-7-1 09:01:42

wuzhiyi 发表于 2021-6-30 18:28
你可以用mdrun -rerun来重新生成dhdl

谢谢您的回复！
您的意思是mdp中用如下设置将这两个新增的采样窗口重新跑完，然后跟之前的11个采样窗口的轨迹一起，再用mdrun -rerun来重新生成13个dhdl，最后再一起分析吗？
vdw-lambdas = 0.075 0.0.125
coul-lambdas = 0.00 0.00

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