关于LJ势中σ、ε参数的拟合与计算

shiguang · 发表于 Post on 2021-12-26 11:46:46

老师接了个与化工学院的合作，他们用CHEMKIN进行模拟，需要各个物质的LJ势参数σ、ε。反应涉及SiCl4，SiCl3H，SiCl2H2等及相关物种
想问问大家如何通过模拟计算这些分子的LJ势参数，或者从什么文献中能够获得这些分子的参数。

谢谢大家！

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-26 14:51:22

先从文献搜，实在找不到就用不低于CCSD(T)/aug-cc-pVTZ的档次做两个这种分子几何中心间距离的扫描，再用Origin之类工具把势能曲线拟合成LJ势里的σ、ε参数

shiguang · 发表于 Post on 2021-12-26 16:15:59

sobereva 发表于 2021-12-26 14:51
先从文献搜，实在找不到就用不低于CCSD(T)/aug-cc-pVTZ的档次做两个这种分子几何中心间距离的扫描，再用Ori ...

sob老师您好，CCSD(T)/aug-cc-pVTZ用64核服务器算单点能算了2个多小时，而且特别占存储，一个rwf文件要20-50G的空间来储存，用aug-cc-pVQZ就更费时和存储了。要是用来做scan，可能会特别费时，有没有相对耗时短而且精度还可以的方法呢？

对于这种四氯硅烷、三氯硅烷、二氯硅烷等物质的分解反应，需要拟合其阿仑尼乌斯公式的A和Ea,您推荐用什么泛函来计算呢？计算极化率和偶极矩又推荐用什么方法呢？目前我只会用gaussian
谢谢sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-26 23:29:33

shiguang 发表于 2021-12-26 16:15
sob老师您好，CCSD(T)/aug-cc-pVTZ用64核服务器算单点能算了2个多小时，而且特别占存储，一个rwf文件要20 ...

对于CCSD(T)来说20-50GB根本不算什么
没让你用aug-cc-pVQZ
又不是柔性扫描，而且还有64核，对你列出的那么小的体系做扫描根本花不了什么时间（相对于真正耗时的CCSD(T)计算而言）

偶极矩、极化率DSD-PBEP86-D3(BJ)/def2-TZVPPD

shiguang · 发表于 Post on 2021-12-27 10:44:12

sobereva 发表于 2021-12-26 23:29
对于CCSD(T)来说20-50GB根本不算什么
没让你用aug-cc-pVQZ
又不是柔性扫描，而且还有64核，对你列出的 ...

好的，谢谢sob老师

joeson · 发表于 Post on 2021-12-27 13:31:19

本帖最后由 joeson 于 2021-12-27 15:57 编辑

在什么bath gas内的LJ参数，如果是He的话，J. Phys. Chem. A 2021, 125, 2446−2459这篇文献中有几个。“ The Lennard-Jones parameters (σ and ϵ) obtained in this study are 6.90, 6.63, and 6.31 Å and 156, 118, and 95 K for SiCl4,SiHCl3, and SiHCl2, respectively.”这篇工作是为了得到RRKM速率而算的LJ参数，计算级别在MP2/aug-cc-pVDZ，不太高，用的SAM方法，数据看起来也有一定问题，LJ势曲线看着不大对。你做个参考吧。
目前来说计算LJ参数的方法除了跟据临界参数拟合之外，粗糙些用SAM，考虑一定分子各向异性用ODMM，参考川大原子所的这篇J. Phys. Chem. A 2021, 125, 4918−4927。我认为不是特别高精度需求的工作，计算级别选择比CC弱一些的也能接受，再考虑BSSE得到的数据就能发文章了。在球面上选择的随机点个数影响较大，最好不少于1000个。如果想深入学习相关方法最好看看Jasper的原文。
如果精度需求特别高的话，应该用全维势能面来拟合，参考J. Phys. Chem. A 2018, 122, 1521–1530。工作量及其大。
你根据自己课题性质和计算资源衡量下。

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-27 16:39:39

MP2/aug-cc-pVDZ的精度太烂，碰上点做弱相互作用内行的审稿人一定会被批得很惨

shiguang · 发表于 Post on 2021-12-27 17:39:27

joeson 发表于 2021-12-27 13:31
在什么bath gas内的LJ参数，如果是He的话，J. Phys. Chem. A 2021, 125, 2446−2459这篇文献中有几个 ...

好的，谢谢joeson兄！

joeson · 发表于 Post on 2021-12-27 20:30:33

sobereva 发表于 2021-12-27 16:39
MP2/aug-cc-pVDZ的精度太烂，碰上点做弱相互作用内行的审稿人一定会被批得很惨

确实，这个级别就算加BSSE也完全不够看，何况这个作者还没有加，感觉就是强行增添些工作量，而且数据还像是编的。

ABQTrap · 发表于 Post on 2024-1-29 16:34:28

joeson 发表于 2021-12-27 13:31
在什么bath gas内的LJ参数，如果是He的话，J. Phys. Chem. A 2021, 125, 2446−2459这篇文献中有几个 ...

joeson老师好，请问LJ参数拟合计算时，如果要计算两分子相互作用能量随距离变化的LJ曲线，应该进行柔性扫描（即进行结构优化的两分子）还是刚性扫描呢？J. Phys. Chem. A 2021, 125, 2446−2459文献里好像没有提到。

hiramqdl · 发表于 Post on 2024-3-7 15:12:00

sobereva 发表于 2021-12-26 14:51
先从文献搜，实在找不到就用不低于CCSD(T)/aug-cc-pVTZ的档次做两个这种分子几何中心间距离的扫描，再用Ori ...

SOB老师，您能具体说一下“分子几何中心间距离的扫描” 这是什么意思吗？是您写的势能面扫描吗？为啥做两个呢？

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[综合交流] 关于LJ势中σ、ε参数的拟合与计算

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