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[GROMACS] 对含金属和配位水分子的蛋白质-小分子体系模拟中途体系崩溃

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对含金属和配位水分子的蛋白质-小分子体系模拟中途体系崩溃,查看生成的pdb文件发现其中一个配位水分子的氢和氧分离了。对体系进行了能量最小化-npt系综平衡-限制性动力学模拟和正式模拟(附件上传了四个阶段的mdp文件),在npt平衡和正式模拟都define =-DPOSRES以此对配位水分子进行限制(附件上传了配位水分子的限制文件),因为按照步骤查询了体系崩溃的原因,但排除不出来,所以考虑到是否和配位水分子有关系,但是一直到正式模拟前都没问题,所以想问一下各位大佬体系崩溃是否和配位水分子有关系?

em (1).mdp (374 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2) md_heat_NPT.mdp (774 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)


pr.mdp (631 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

md (1).mdp (659 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)



202403112128373361..png (1003.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

体系崩溃后的结构

体系崩溃后的结构

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发表于 Post on 2024-3-12 10:52:57 | 只看该作者 Only view this author
光上传mdp毫无用处
这种问题都来自于拓扑信息的问题,要么拓扑文件里原子顺序和结构文件不对应,自行反复检查
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-12 11:12:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-12 10:52
光上传mdp毫无用处
这种问题都来自于拓扑信息的问题,要么拓扑文件里原子顺序和结构文件不对应,自行反复 ...

好的谢谢老师,请问老师我模拟的这些步骤合理吗?就是能量最小化-npt系综平衡(这一步主要是想让体系缓慢升温到315.15K)-限制性动力学模拟(这一步是想限制配位水分子的位置)和正式模拟这个顺序?

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发表于 Post on 2024-3-12 11:28:52 | 只看该作者 Only view this author
YuniJ 发表于 2024-3-12 11:12
好的谢谢老师,请问老师我模拟的这些步骤合理吗?就是能量最小化-npt系综平衡(这一步主要是想让体系缓慢 ...

不对

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)我讲的这个是正确而且最简单的一般流程:




北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-12 13:35:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-12 11:28
不对

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)我讲 ...

好嘞!谢谢老师!

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