公社群聊Q&A整理：2016.10.14 00 ~ 2016.10.18 06 Concate.txt

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-11-3 06:51:35

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2016.10.13 23:59:49
Q:
老师，我被文献搞糊涂了，具体说HOMO轨道的电荷密度怎么计算呢？
A:
“HOMO轨道的电荷密度”首先这个概念就含糊不清
先弄清楚到底想获得什么量，目的是干什么
手册4.8节一堆轨道成份分析例子
这里也有
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
Q:
我也是觉得不明白，我原来算的是某个原子的电荷密度，我觉得他想说的是前线轨道的电子密度
A:
“原子的电荷密度”这是严重错误的描述
仔细看此文第六节
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
“前线轨道的电子密度”有N多种考查方式，不说清楚具体怎么考察没法说怎么操作
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2016.10.14 00:00:19
Q:
[图片]老师我这个多聚体能量还在下降为什么要杀掉呢
我想做激发态优化
A:
到最后下降已经十分缓慢了，如果依然和收敛限相差很大，继续搞下去白费时间，或者你改了关键词之后能明显更快达到收敛标准
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2016.10.14 00:03:29
Q:
老师我描述一种考察方法，您帮我看看对不对
有一组以异喹啉为母体的结构，我现在想比较他们异喹啉吡啶环上的HOMO电子密度（我理解是吡啶环上面的HOMO布居大小排序）大小排
序，我想先做各个化合物的HOMO的布居分析，然后将吡啶环涉及原子的布居加和来比较。[图片]老师这个思路对么？
A:
你就计算吡啶环这个片段对HOMO的贡献就完了。Multiwfn的轨道成分分析界面里直接能定义片段，然后显示轨道成分的时候直接就告诉
你片段的贡献
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2016.10.14 00:13:32
Q:
老师，采用高斯对Ru同位素及其团簇的相对论效应计算，能不能只考虑标量相对论效应，暂时不考虑旋轨耦合，因为一直没找到合适的
基组进行ghf的复数轨道的计算
A:
用DKHSO在HF级别下考虑旋轨耦合可以，就用给DKH优化的全电子基组就完了
但关键软肋是只支持HF级别。希望G16能支持DFT
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2016.10.14 00:15:40
Q:
高斯中泛函的收敛快慢有排序吗？是按HF含量来的吗？
A:
HF成份跟基组是两码事
Q:
哦哦那收敛快慢和基组有关吗？老师
A:
弥散函数越多普遍越难收敛，这是众所周知的
HF成分越低的可能越难收敛，但也不一定。明尼苏达系列泛函收敛难度比其它泛函略大
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2016.10.14 00:17:17
Q:
明尼苏达是？
A:
诸如M06-2X这些M开头的
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2016.10.14 00:21:17
Q:
老师，我能知道这是循环到第几步算的吗
Item Value Threshold Converged?
Maximum Force 0.000408 0.000450 YES
RMS Force 0.000074 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.163242 0.001800 NO
RMS Displacement 0.037823 0.001200 NO
Predicted change in Energy=-5.610707D-05
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Leave Link 103 at Mon Oct 10 00:14:31 2016, MaxMem= 536870912 cpu: 67.8
(Enter /apps/chem/Gaussian/G09_C01/g09/l202.exe)
Symmetry turned off by external request.
Stoichiometry C60H48N8O8
Framework group C1[X(C60H48N8O8)]
A:
输出文件里都有提示
Q:
老师您有关于解读输出文件的博文吗？
高斯的
A:
没有
输出信息那么多，不同任务输出的不同，博文里囊括不下
科音的量化培训班中倒是会带着过一遍
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2016.10.14 01:00:33
Q:
高斯算非谐频率freq=anharmonic时，老是算到一半断掉，nohup文件提示bus error，这种情况有人知道怎么解决吗？
[图片]
重复了几次都提示同样的错误
A:
字号不要超过12
看输出文件里的提示
Q:
log文件后面没有提示，就是中断了
[图片]
这是计算频率的log文件，结尾没有提示错误信息
A:
如果是老版本尝试新版本（D.01或E.01）
如果基组用了弥散，去掉再试
振动分析前一定在同级别下优化
Q:
基组没加弥散，优化和算频率是相同的基组和方法
[图片]这是我优化的gjf文件
[图片]
这是我就算频率的gjf文件
A:
没特殊必要别写step和IOp
scale对非谐振计算也多余
为避免不能描述的情况，坐标和基组直接在当前文件里写清楚
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2016.10.14 01:07:07
Q:
打扰了老师我那个vmd安装出现 [图片]这个错误怎么解决啊
A:
尝试1.9.2，还不行就在其它机子上装完了再拷到本机上看能不能用
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2016.10.14 01:36:08
Q:
[图片] 老师算光谱时出现这种错误是什么情况呀？谢谢[图片]之前没加溶剂时就没问题，加了就变这样了。
A:
%mem太小
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2016.10.14 01:51:24
Q:
计算稀土Eu的紫外吸收和VCD，一般用什么泛函和基组呢？谢谢老师
那就是给Eu用SDD,其他CHO用6-31G就好了吗？还是都用SDD呢？
结构太大，我想先用小的优化完，再用大的优化，这样可行吗？
SDD和6-311都是三重劈裂，一定要这样匹配的组合才行吗？
好的，老师，我明白您的意思了，就是要有优化和弥散一起用，针对S O 这些元素
A:
不要加弥散
Q:
那么老师，最后就是Eu采用SDD,然后CHOS用6-311G*
老师，为什么不能加弥散呢？
A:
白费时间
毫无用处
看此文3.10节
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2016.10.14 02:06:47
Q:
那么要是算Yb, La这些稀土都可以用SDD吗？可以用LanL2DZ吗？
A:
可。不可
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2016.10.14 02:15:45
Q:
sob老师，这是用optDFEw计算出现了错误，请问怎么解决？
[图片] GaoY 发表动态 18:15:48
"分享图片"
[图片] 查看
A:
字号不要超过12
打开.out文件看哪里有异常
Q:
sob老师，这是输出文件[图片]
那您的例子输出的结果是正常的，
计算您给的例子输出的结果是正常的，我的分子的体系纯有机分子，差不多100个。
A:
你都按ctrl+C强行暂停了还看末尾有什么意义
直接自行调用g09运行gjf文件看有无什么报错
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2016.10.14 02:33:04
Q:
应用化学-lxs撤回了一条消息
sobereva老师，关于ICSS研究方向性，我选了3000个Bq原子且低质量的格点，我感觉有些欠缺，做哪些调整比较好，花费相对少些？谢
谢老师。
sobereva老师，关于ICSS研究芳香性，我选了3000个Bq原子且低质量的格点，我感觉有些欠缺，做哪些调整比较好，花费相对少些？谢
谢老师。
A:
没什么欠妥的。体系大的话3000个都太少
计算耗时并不是正比于Bq数
Q:
嗯，好。那我选择5000个，体系大概120-150个原子，中质量格点，这样应该会好些吧。
嗯，好的，谢谢sobereva老师。
A:
还是少。这么大体系怎么也得十几万才能涵盖整个体系。或者干脆甭拿ICSS研究
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2016.10.14 02:55:43
Q:
[图片]老师，我看了您论坛里的帖子http://sobereva.com/188，看到这一部分不是很理解，您在这里写的是SDD如何定义的吗？那么我
们要是用的话，输入文件是不是直接写 Eu SDD 就可以吗？
[图片]还是说这样就好呢？
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.10.14 03:03:36
Q:
老师好，小弟想研究分子在不同溶剂模型下的性质，但是Gaussian view中溶剂种类不太齐全，这样就不能研究了吗
A:
看手册里scrf关键词部分给出的溶剂列表。没自带的自定义溶剂的eps
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2016.10.14 03:18:44
Q:
计算电荷转移激发态.fchk转化.cube文件失败 Could not find Total CI Density on formatted checkpoint file.
Error termination via Lnk1e at Thu Oct 13 19:06:55 2016.
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 0000000000d0d808, rcx ffffffffffffffff
rdx 00000000000056ad, rsp 00007fff28a03918, rbp 00007fff28a03970
rsi 000000000000000b, rdi 00000000000056ad, r8 00002b842cad9640
r9 0000000000000000, r10 00007fff28a036a0, r11 0000000000000206
r12 0000000000d0c86b, r13 0000000006e15c08, r14 0000000000d0c918
r15 00007fff28a05d38
--- traceback not available
是什么原因？谢谢
# td=(singlets,nstates=10) B3LYP/6-31+g(d,p) scf=tight
我就是正常结束的输出文件chk文件转化为fchk。染后计算电荷转移将fchk文件转化为cube文件转化失败就是Could not find
Total CI Density on formatted checkpoint file.
A:
用Multiwfn基于fch计算cube文件。
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2016.10.14 03:59:13
Q:
请问，
[图片]
这个是电子密度为0.001的vdW表面吗？
A:
是
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2016.10.14 04:11:54
Q:
请问某个健的NBO轨道能怎么算呀
A:
pop=NBO，输出文件里面有NBO能量
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2016.10.14 05:54:17
Q:
[图片]老师，我想算两原子间的ELF函数，Linux下的图片怎么保存呢？显示错误啊
A:
在图形环境的linux中运行Multiwfn才能蹦出图形窗口。如果是纯文本，或者ssh远程登录那种，把settings.ini里isilent设成1，重启
Multiwfn，运行到你这步的时候就不会试图蹦出图形窗口，然后在菜单里选保存图片即可。
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2016.10.14 05:56:24
Q:
老师，我用您给的建议修改了高斯的输入设置，但还是提示bus error，请问还有什么解决办法？
[图片]
[图片]
计算苯分子的非谐频率
这是log文件的结尾
[图片]
iop7/33=1是为了计算偶极矩导数和极化率
A:
换最新的版本
或者换个机子运行，且甭用什么乱七八糟的提交方式再试
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2016.10.14 06:05:44
Q:
[图片]
请教各位老师，这个语法错误是怎么回事？采用同样的关键词，有的gjf就可以运行，这个就直接报L1出错。
A:
老版本不支持PM6D3
Q:
谢谢sob老师，g09的A版本不支持吗？的确是g09D版本就可以算的。
A:
不支持
A出来的时候D3都没提出来呢
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2016.10.14 06:07:42
Q:
请教一个问题，高斯计算中压力的设定是不是不影响热力学数据呢？
A:
影响啊，只影响平动的贡献
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2016.10.14 16:16:06
Q:
[图片]
请问这是什么问题？
软件已经用了两三周了
A:
license快过期了
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2016.10.14 17:36:05
Q:
请问各位老师，用Multiwfnd研究弱相互作用时，aRDG方法得到的output.txt文件，想用origin作散点图，sob老师博客说用txt文件的最
后两列数据作图，我做出来是这样的[图片]请问，我该如何调整这两列数据？谢谢
哦，谢谢。可是我的X数都很大啊[图片] Ståtile
A:
明显不是散点图，而是折线图。直接往origin里一拖，拿最后两列当X,Y做散点图，调整好坐标轴刻度范围就完了
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2016.10.14 19:08:00
Q:
说到速度，正好请教一下大家。测试机器的计算速度，大家都运行哪些例子？
A:
本群讨论字号严禁超过12
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2016.10.14 19:10:05
Q:
请问用Dmol过渡态搜索时，SCF不收敛，结果文件提示我修改旋转和对称，这个怎么修改
A:
找过渡态用高斯多好
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2016.10.14 19:35:51
Q:
老师好，请问我这个计算有毛病吗
结果显示为[图片]
不知道中间有没有什么问题，请教老师
[图片]还有这里我用是unrestricted，对不对
我这样算中间有没有什么错误
好的谢谢老师，就是要加个fre计算，不加的话可以吗或者说不加有什么缺点，请问老师
[图片] 小小分享文件 11:35:56
"1a-3.log" 下载
A:
看更前头的错误提示，你贴的图没用
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2016.10.14 19:41:20
Q:
问一下固态硬盘三星256的可以么
我也不知道买什么好我也想装一个固态硬盘
A:
三星的可以，性价比低
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2016.10.14 21:45:28
Q:
请问，体系中有氢键，用6-31G*优化，6-311++G**算单点，这样合适么？谢谢！
A:
优化凑合，但最好6-31G**。算单点可以，但氢的弥散意义不大。是否合适看你要求的精度、机子、体系大小。
----------------------------------------------------
2016.10.14 22:18:54
Q:
[图片]
各位大神，这是什么意思啊
A:
优化和频率计算时候都绝对甭用counterpoise
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2016.10.14 22:19:48
Q:
fchk怎么在multiwfn中转成cube文件
A:
用主功能5计算想要的函数的格点数据再导出。cube是算出来的，不是转换出来的
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2016.10.14 22:41:52
Q:
今天看高斯手册，发现了对单晶胞进行周期性边界条件描述，一直以为高斯不能对周期性晶体进行计算呢，描述的过程中主要涉及的是
平移向量，我想问的是：这个平移向量怎么才能得到？
在文献中也没用发现用高斯来做周期性晶体计算的，一般都是用CASTEP，CRYSTAL软件的
高斯到底可以不可以做这样的计算呢？
A:
高斯算三维周期性巨慢，功能也很少，所以极少有人用。
对周期性体系用高斯处理的时候通常都是截取团簇研究
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2016.10.15 00:13:05
Q:
老师们打扰了，怎么在multiwfn调节其步长呢，做总的态密度时，[图片]是这个吗？
A:
2 Set energy range
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2016.10.15 00:36:13
Q:
老师，我优化的时候发现过渡态能量（电子能、自由能）比起始物低；做IRC发现可以正常结束，但最后显示This type of
calculation cannot be archived. 这个问题怎么解决？
A:
CHEN 不是报错提示。
电子能量都比起始物低显然过渡态直接连通的根本不是这个起始物
----------------------------------------------------
2016.10.15 00:37:19
Q:
请问我用VMD显示multiwfn计算结果时，path的显示一半黑一半灰，请问是哪个参数没设好？[图片]
请问CPs.pdb和CPprop.txt，如何根据前者的编号找到后者对应的值？
意思是在图上显示编号，然后去找对应的CPprop里对应的值？
A:
再调调显示方式
你在VMD里按数字键1，点击临界点，然后在文本窗口里会显示CP编号(index，把它数值再加1），去找CPprop.txt里对应的
Q:
另外，CPs.txt坐标是bohr单位，CPs.pdb是A，这个区别最好在输出文件时提示一下。
A:
pdb里是埃，这属于常识
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2016.10.15 01:29:37
Q:
想算一个银与多肽的配合物的能量以及配位方式请问用B3LYP 6-31G dp 可以么？不知道为啥总是出错
A:
勉强，这是底限。出错看提示
----------------------------------------------------
2016.10.15 01:39:52
Q:
各位老师请教个问题，氢键的实质是静电相互作用，而ππ堆积是色散相互作用对不？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.10.15 02:03:31
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
甭用counterpiose。基组太烂，哪能用lanl2DZ算弱相互作用问题，和Be O H的基组明显不平衡
----------------------------------------------------
2016.10.15 02:03:31
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
@sweet—gaussian\MS
----------------------------------------------------
2016.10.15 02:08:02
Q:
HOMA是否只能分析不含配位键的环？因为标准键长参数都只有不含金属的键的数据。
A:
是的
局限性大，依赖参数
----------------------------------------------------
2016.10.15 02:49:02
Q:
用Multiwfn看超极化率输出的时候出现这种状况应该怎么解决[图片]
A:
看输出文件里信息是否正常
也可能你选的选项不对
Q:
我看外场频率为0 和0.005的时候都是正常的结果0.01的时候就出现这种状况
我重新做了一遍还是出现一样的
A:
输出文件给我
Q:
[图片] 青春&时光分享文件 18:53:00
"K-Ca-calix-fdpolar-2.log" 下载
看0.02的时候正常
A:
0.02的时候数值大得异常
[图片]
导致Multiwfn固定宽度下显示不下
感觉数据有问题
Q:
这种情况我应该怎么设置
A:
换个理论方法或者基组再试试
也可以在当前级别下做TDDFT计算看看有无异常，比如出现激发能很低的激发态
Q:
直接手动计算就可以了吗
A:
什么手动计算？
Q:
就是按照这个公式[图片]计算
把数据找出来
A:
这跟手动计算有什么关系
输出的分量就不合理
Q:
那就是说我重新换一个泛函和基组计算
A:
Sobereva(190258442) 19:00:53
换个理论方法或者基组再试试
Sobereva(190258442) 19:01:34
也可以在当前级别下做TDDFT计算看看有无异常，比如出现激发能很低的激发态
Q:
老师我做了TD
也是在同一个泛函和基组下
[图片][图片][图片]
最低的0.2727eV
A:
那看来(超)极化率数值那么大倒也有理，正在pole上
----------------------------------------------------
2016.10.15 02:49:46
Q:
请问老师，L502和L508报错有啥区别，都是收敛失败吗
A:
后者是qc方法收敛失败
----------------------------------------------------
2016.10.15 04:50:46
Q:
请问vmd按1进入选择模式，出现十字符号后，怎么这种模式回到正常状态？谢谢！
A:
按r返回视角旋转模式
----------------------------------------------------
2016.10.15 05:05:34
Q:
[图片]sob老师，左边是做的散点图，右边是程序出的散点图，xy坐标按png图里调了，可是两图还是不匹配啊我是哪里弄错了吗?
A:
关掉speed mode
----------------------------------------------------
2016.10.15 05:07:58
Q:
各位老师，我想问一下进行AIM分析的关键词是什么？
A:
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
----------------------------------------------------
2016.10.15 05:10:36
Q:
[图片]
这个的物理意义是什么？
A:
就是片段的电荷转移量，计算每个占据轨道对片段电荷变化的贡献进行加和
Q:
那么进一步说明了什么问题
A:
就是电子激发过程片段电荷的变化
Q:
电荷转移量越大越接近彻底的CT态？
A:
y
Q:
和△r与S相比有什么优势？
A:
没什么优势。
这个指标主要用在OHF方法判断泛函最适合的HF成分上
----------------------------------------------------
2016.10.15 05:57:03
Q:
请问我的AIM分析，出现了共价键的BCP点和O原子之间形成了键径，其电子密度在0.4*10-2数量级。我认为这应当是由于AIM理论的缺陷
的误判；如果是RDG分析，就很大程度可以避免这一误判。请问您的观点是？
A:
也不算误判，但这个observation没太强化学意义。
Q:
就是说，虽然observation存在，但没有化学意义，只是数学上的一个结果而已
A:
y
Q:
但他这个强度不算太弱，是本体系C-H---O键的1/2了
请问会不会出现电子密度很大但却没有物理意义的BCP，我认为几率很小。
A:
然
----------------------------------------------------
2016.10.15 06:48:47
Q:
老师 gaussian里面的这种计数法怎么换成数值计数[图片]
怎样个做法
老师用multiwfn看含频超极化率的输出的时候beta x, beta y, beta z,乘以系数1/5没有[图片]
A:
手册3.200.7节有公式
----------------------------------------------------
2016.10.15 19:10:07
Q:
请问群里谁有Exploring...第三版的电子版？
是不是软件版本太老？
A:
目前不存在电子版，但近期可能会在网上出现
----------------------------------------------------
2016.10.15 19:12:32
Q:
大家好！我用MS中的DMol3计算一个含苯环的分子，采用B3LYP算法，出现
“
Warning: Exceeded requested maxmem in Coulomb integral calculations.
The job will proceed and attempt to allocate additional memory.”
请问是什么问题？该如何解决？谢谢！
A:
字号别超过12。
能正常运算就不用管
----------------------------------------------------
2016.10.15 19:41:12
Q:
请教大家一个菜鸟问题：几何优化时加上empiricaldispersion=gd3和不加进行优化，有什么区别？我的输入是：#p m062x/tzvp opt
freq
还有一个问题就是每次一加入empiricaldispersion=gd3，为什么就会报错：
[图片]
我的是g09-C.01
请教一个问题：几何优化时加上empiricaldispersion=gd3和不加进行优化，有什么区别？我的输入是：#p m062x/tzvp opt freq
而每次一加入empiricaldispersion=gd3，为什么就会报错：如下图
[图片]
A:
D.01版才支持DFT-D3，看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
----------------------------------------------------
2016.10.15 20:22:08
Q:
老师，请问mutilwfn做NTO分析的例子在哪一章节，怎么手册没有找到？
A:
multiwfn不支持NTO
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
Multiwfn支持的electron-hole分析比NTO普适性更好更强大
----------------------------------------------------
2016.10.15 22:10:15
Q:
[图片]用B3LYP 6-311G(D,P) OPT FREQ ，最后只出现了一个虚频，现在最终的结果上继续优化+频率，选用了restart 关键词，结果很
快就结束了，还是原来的结果。我想问下，这种情况下改如何处理呢？为了消除虚频，OPT=tight，int=ultrafine 都加上去了。
[图片]
这样写有什么错误？请高手不吝赐教啊
现在开始算了，我把输入当中geom=(connectivity,allcheck)中的connectivity关键字删掉了，保留了allcheck，顺利通过语法检查了
，小木虫上有人说是：程序把原子链接关系信息当作了基组信息，导致了如上的错误。
A:
B3LYP/6-311G** opt=tight freq int=ultrafine。甭写restart。甭写其它的乱七八糟关键词
Q:
我是想在原来的基础上直接进行的，geom=allcheck,guess=read, int=ultrafine opt=tight 是这样写的
A:
在高斯还没充分玩儿转前老老实实写上坐标，甭老读chk，除非自己已经很明白了
从简单到复杂
我碰见一些诡异问题时，甚至一些几乎明知道不会影响结果的地方也进行调整来对比一下影响，以求放心
----------------------------------------------------
2016.10.15 22:55:46
Q:
老师打扰了，[图片] 就是做dos图时，我这个虚线显示的是LUMO，而不是HOMO，怎么回事啊？
我从gaussian计算结果读出来的HOMO是-4.612ev，而那个lumo是-2.725ev。
而我的那个HOMO在multiwfn中已经变成-5.6ev左右了。
A:
文件发给我看看
----------------------------------------------------
2016.10.15 23:07:53
Q:
请问分子模拟的大神，在计算聚合物MSD的时候，每次都在计算终止时MSD严重漂移，是算法的什么误差导致的？
[图片]
比如这样
谢了
A:
字号不要超过12。
末尾部分MSD没有前头部分计算精度高，这是算法所致，因为前头部分计算时会有更多轨迹做平均的来减少误差。比如180ps的轨迹段在
整个模拟轨迹中只能取较少数目，而10ps的轨迹段则可以取很大量数目。
----------------------------------------------------
2016.10.16 03:57:34
Q:
请问，为了测试模型的合理性，对于萘的平行二聚体，使用6-311G(d,p)有没有问题？
A:
加弥散
Q:
我是为了加大三聚体的距离，看相互作用是否收敛，来判断模型的合理性，还有我使用的是cdft方法，这个也需要加弥散吗？
A:
算相互作用能得加，特别是这种色散主导的
----------------------------------------------------
2016.10.16 03:57:55
Q:
[图片]老师，我要做个填色图，然后最下边提示stop in DISINI，是不是只能用Windows版的做？
是啊，调不出图形界面
A:
纯文本界面是显示不出图形窗口的。图形环境的linux版才能显示。
如果只能用纯文本界面，你把settings.ini里的isilent设为1，然后重复操作步骤，之后在后处理菜单选择保存图片。然后把图片从服
务器上再拷下来。
----------------------------------------------------
2016.10.16 05:47:12
Q:
老师，做BSSE校正，如果体系中有镧系锕系元素，MP2还能用么？谢谢
A:
能
----------------------------------------------------
2016.10.16 05:53:13
Q:
老师们，文献中发现有的反应势能图用零点能校正后的单点能描述，有时候又用校正过得Gibbs自由能描述，用两种图描述的优缺点是什
么？如果单点能能垒和自由能差的变化趋势有所差异时，那对于优势反应通道的判断应该是依据哪个比较合适呢？谢谢各位啦
A:
前者是G(0)的情况，后者是G(T)的情况
用G(T)的
----------------------------------------------------
2016.10.16 06:05:07
Q:
请问vmd的图如何居中，一不小心把分子转下去了。谢谢
A:
按等号键
----------------------------------------------------
2016.10.16 06:08:57
Q:
请问一下，HOMA是否只能分析单重态的芳香性？
A:
原理上，应该不限于单重态，虽然没看过对于非单重态的讨论
Q:
但是不同多重度下共价键的键长可能有变化吧？
A:
这个不好衡量，对有的体系影响只是局部某些原子的
图保险的话还是只用与单重态，因为参考值也是对单重态算的
Q:
那除了NICS和ICSS，还有什么适合比较S0和T1芳香性？
A:
多中心键级也可以
----------------------------------------------------
2016.10.16 06:54:47
Q:
老师，我如果计算平行三聚体的IP值（cdft方法计算，中间分子带正电荷），与三聚体的距离的关系，这样的计算方法选择b3lyp/6-
311G(d,p) 问题大不大？
A:
说得过去
----------------------------------------------------
2016.10.16 07:03:23
Q:
老师，
在我的文章中我用M06-2X泛函计算了一个弱相互作用体系，这个体系包含了用Ag原子组成的团簇。计算结果与实验结果符合很好。
文章已经投出去了，但是其中一位编辑指出M06-2X泛函并不适用于金属体系。
我觉得结果挺好的，不想换方法重新计算，但不知道该怎么回复编辑，请Sobereva 老师给点意见/微笑
A:
可以再拿B3LYP-D3、wB97XD之类算一下，结果类似就说明M062X虽然没给过渡金属参数化，但恰好对当前体系不错
或者M06-D3算算
Q:
我查了下，有篇文章也用了M06-2X泛函计算一个包含Ag原子的体系的弱相互作用，最后发表在Theoretical Chemistry Accounts 上，您
说会不会是体系的适用性问题?
A:
什么适用性问题？
当前结果不错，若TCA上的结果也不错，就证明M062X没有给含Ag体系参数化不代表对Ag体系不适用
----------------------------------------------------
2016.10.16 07:22:02
Q:
[图片]请问这个反应的吉布斯自由能变怎么算啊？之前算别的反应都是用产物的G值减去反应物的G值，但这个和氧气反应的不会算了/尴
尬反应物的G值不是这两个反应物的加和了吧？
这个群太好了，Sobereva老师真是个热心的好人! [emoji]
A:
反应左右都没配平，显然不能直接那么算
至少O2前头加个1/2
Q:
O2优化的时候得用三线态吧？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.10.16 07:35:34
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
有趣的统计
[图片]
有趣的统计
[图片]
gromacs稳固位居老大地位
----------------------------------------------------
2016.10.16 07:44:07
Q:
老师这个表中的[图片]Harmonic Vibrational Frequencies加什么关键词可以算
A:
freq
----------------------------------------------------
2016.10.16 16:53:51
Q:
Matrix for removal 18 Erem= -4419.08882802468 Crem= 0.000D+00
EnCoef did 100 forward-backward iterations
Matrix for removal 17 Erem= -4419.21188776241 Crem= 0.000D+00
EnCoef did 100 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration: 0.630D-15
Matrix for removal 18 Erem= -4419.08882802467 Crem= 0.000D+00
EnCoef did 100 forward-backward iterations
Matrix for removal 12 Erem= -4419.21188776242 Crem= 0.000D+00
EnCoef did 100 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration: 0.110D-14
Matrix for removal 18 Erem= -4419.08882802472 Crem= 0.000D+00
EnCoef did 100 forward-backward iterations
Matrix for remo
val 11 Erem= -4419.21188776242 Crem= 0.000D+00
EnCoef did 100 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration: -0.157D-15
Matrix for removal 18 Erem= -4419.08882802470 Crem= 0.000D+00
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UB-P86) = -4419.08882802 A.U. after 129 cycles
Convg = 0.1069D-02 -V/T = 2.0905
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 3.5000 <S**2>=15.7945 S= 3.5056
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 15.7945, after 15.7503
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /opt/software/g09/l502.exe at Sun Oct
16 06:37:32 2016.
Job cpu time: 0 days 20 hours 12 minutes 22.6 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 165 Int= 0 D2E= 0 Chk= 4 Scr= 1
Matrix for removal 18 Erem= -4419.08882802468 Crem= 0.000D+00
EnCoef did 100 forward-backward iterations
Matrix for removal 17 Erem= -4419.21188776241 Crem= 0.000D+00
EnCoef did 100 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration: 0.630D-15
Matrix for removal 18 Erem= -4419.08882802467 Crem= 0.000D+00
EnCoef did 100 forward-backward iterations
Matrix for removal 12 Erem= -4419.21188776242 Crem= 0.000D+00
EnCoef did 100 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration: 0.110D-14
Matrix for removal 18 Erem= -4419.08882802472 Crem= 0.000D+00
EnCoef did 100 forward-backward iterations
Matrix for removal 11 Erem= -4419.21188776242 Crem= 0.000D+00
EnCoef did 100 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration: -0.157D-15
Matrix for removal 18 Erem= -4419.08882802470 Crem= 0.000D+00
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UB-P86) = -4419.08882802 A.U. after 129 cycles
Convg = 0.1069D-02 -V/T = 2.0905
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 3.5000 <S**2>=15.7945 S= 3.5056
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 15.7945, after 15.7503
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /opt/software/g09/l502.exe at Sun Oct 16 06:37:32 2016.
Job cpu time: 0 days 20 hours 12 minutes 22.6 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 165 Int= 0 D2E= 0 Chk= 4 Scr= 1
请问这种情况是由于scf=novaracc导致的么？用scf=nodiis是否合适呢？
我目前用了这个：scf=(noincfock,ndamp=50,novaracc)
A:
novaracc只可能帮助收敛，不可能有碍收敛
碰上不收敛的情况，不用#P什么也不知道，更没法确定用什么关键词帮助收敛
nodiis除非是一开始就震荡超级厉害，否则通常没任何好处
Q:
老师，#p详细输出后，从哪些信息可以判断不收敛的原因呢？
A:
先看清楚怎么震荡的再说
震荡幅度多大，离收敛限差多少，根据实际情况处理
所有有可能派上用场的做法博文里都写了
----------------------------------------------------
2016.10.16 17:00:49
Q:
sob老师，我想用def2-tzvp基组，想加弥散，但我在高斯说明书中没有找到相关定义，我该怎么命令?还是需要自定义基组？我现在用的
高斯版本是G09 D.01版
A:
给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法
http://sobereva.com/340
自定义基组方式输入
----------------------------------------------------
2016.10.16 17:33:10
Q:
[图片] ＂小爷丶狂嗨分享文件 09:33:09
"b97d-ccgraphene-optfreq.log" 下载
[图片] ＂小爷丶狂嗨分享文件 09:33:21
"graphene.fchk" 下载
老师打扰了这是我那个石墨烯的计算文件
以及fchk ，我在计算的时候跟那个从multiwfn中做出来的能隙不一样
A:
虚线明明就是HOMO的位置
Note: Orbital 171 is HOMO, energy: -0.098997 a.u. -2.693842 eV
[图片]
虚线明明就是HOMO的位置
Note: Orbital 171 is HOMO, energy: -0.098997 a.u. -2.693842 eV
[图片]
Q:
老师而在gaussian结果log文件当中那个homo代表最高占据轨道 [图片]lumo代表的是最低空轨道吧？
能隙=HOMO-lumo 减出来数值跟做出的图形不一样，
A:
和图形怎么不一样？HOMO和比它高的那个竖条之间的距离就是HOMO-LUMO gap。程序直接按照能量显示竖条的位置，不可能不一样
----------------------------------------------------
2016.10.16 18:22:35
Q:
大家好
我是multiwfn初学者，
正在学习制NBO轨道图
我按着博主老师的步骤绘图，可是我做不出来，
有哪位大神曾遇到跟我一样的情况吗？
[图片]
就是这个例子
[图片]我用VMD绘图的时候等值面不是这样子，[图片]长这样
A:
博文写得很详细了，没重复出来是因为没有严格按照博文操作。诸如isovalue没合理设定之类
----------------------------------------------------
2016.10.16 19:41:04
Q:
谁有swizard软件啊，画图用
A:
swizard在易用性、功能上都已完全被Multiwfn取代了。忘记swizard
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
----------------------------------------------------
2016.10.16 22:36:33
Q:
E5-2683V3好像不到2K？
ES应该是工程版的把
为什么服务器级的CPU主频都比较低
A:
频率低是因为核数多，否则发热量受不了
----------------------------------------------------
2016.10.17 01:11:22
Q:
[图片]请问大家这个IRC验证的结果有问题么？不是抛物线式的
A:
明显没合理结束，看末尾提示。重校正步不收敛就加LQA，过早判断极小点就加大IRC步长或者更精确定位过渡态
Q:
[图片]老师，正常结束了的@Sobereva
A:
“合理结束”!=“正常结束”
老生常谈的图
[图片]
老生常谈的图
[图片]
Q:
尝试过加大步长，但就会出现了123错误，上网查后加上cartesian后还是123错误@Sobereva
A:
看报错提示，别看什么l几几几
[图片]
网上那绝对是坑你的，IRC加什么cartesian
不要信网上来路不明的讨论，否则9成被坑
减小步长上限
或calcfc/calcall
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
好的，谨遵教诲@Sobereva
老师，加上LQA还是同样的结果
A:
上传输出文件
Q:
[图片] 往事随风分享文件 18:40:57
"IRC.log" 下载
A:
加大步长啊
LQA是解决重校正步不收敛的，不是解决跑几个点就停的。后者处理方法在我ppt都写了
----------------------------------------------------
2016.10.17 01:26:23
Q:
[图片]
请教各位前辈，同样的文件，只是一个加了电场，一个没加，没加的报错了，另一个没报这样的错误，要怎么处理呢？步长设置的是一
样的
A:
可能因素很多，首先确保力场和模拟参数合理。然后就反复尝试改变各种条件，诸如模拟步长、盒子大小、初始建模方式等
----------------------------------------------------
2016.10.17 02:01:35
Q:
请教各位老师，在过渡金属体系优化时，如果用到了vshift,设多大合适呢
A:
除非SCF不收敛否则甭设
要试图靠这个解决SCF不收敛一般设300~500
----------------------------------------------------
2016.10.17 02:41:57
Q:
[图片]老师在gaussian中计算出来的log文件，HOMO=-0.16949a.u而那个lumo=-0.10013a.u ，而multiwfn中的是Note: Orbital 171
is HOMO, energy: -0.098997 a.u. -2.693842 eV，怎么对应不起来呢？
老师这是那个计算的文件
A:
只可能你的fch文件和这个输出文件根本不对应
拿最后结构重算个单点
----------------------------------------------------
2016.10.17 03:41:45
Q:
[图片]老师，我想问下这样产生NBO的关键词对不对，产生出来的又是啥呢
A:
写个pop=NBO就完了，其它都甭写
又不用nboread写$NBO干嘛
----------------------------------------------------
2016.10.17 04:30:12
Q:
聊天记录都整理的这么好，Sob太强大了
A:
qq直接导出的
计算化学公社上有liyuanhe根据群聊记录按照问答整理的，看那个更有益
我传的仅供回溯用
字号不要超过12
----------------------------------------------------
2016.10.17 04:45:40
Q:
各位老师，键级怎么计算？
bond oder
A:
看具体用什么键级，群共享里Bond Order Analysis Based on the Laplacian of Electron Density in Fuzzy Overlap Space有对比讨
论
Q:
收到
A:
键级定义得有十几种
Q:
补个数据谢谢sob老师
Fractional Occupation Hirshfeld Iterative (FOHI) formalism
A:
常用的都能用Multiwfn计算
Q:
FOHI呢老师
A:
没什么太大意义，少数人爱鼓捣
----------------------------------------------------
2016.10.17 06:21:37
Q:
Cycle 56 Pass 1 IDiag 1:
E= -4419.59601558324 Delta-E= -0.000000001435 Rises=F Damp=F
DIIS: error= 3.92D-06 at cycle 56 NSaved= 13.
NSaved=13 IEnMin=13 EnMin= -4419.59601558324 IErMin=13 ErrMin= 3.92D-06
ErrMax= 3.92D-06 EMaxC= 1.00D-01 BMatC= 1.68D-09 BMatP= 6.17D-09
IDIUse=1 WtCom= 1.00D+00 WtEn= 0.00D+00
Large coefficients: NSaved= 13 BigCof= 10.19 CofMax= 10.00 Det=-2.95D-12
Inversion failed. Reducing to 12 matrices.
Coeff-Com: -0.211D+01 0.337D-02 0.497D+01 0.225D+01-0.516D+01-0.534D+01
Coeff-Com: -0.777D+00 0.375D+01 0.268D+01 0.205D+01 0.150D+01-0.281D+01
Coeff: -0.211D+01 0.337D-02 0.497D+01 0.225D+01-0.516D+01-0.534D+01
Coeff: -0.777D+00 0.375D+01 0.268D+01 0.205D+01 0.150D+01-0.281D+01
Gap= 0.150 Goal= None Shift= 0.600
Gap= 0.016 Goal= None Shift= 0.600
RMSDP=9.52D-08 MaxDP=4.59D-06 DE=-1.44D-09 OVMax= 3.08D-05
请问自洽场，用#p,看收敛过程，每一拳=圈这些结果都给出了什么信息呢？
A:
接近收敛限
----------------------------------------------------
2016.10.17 08:16:53
Q:
谁能帮你解释一个amber力场的问题吗，
1. amber16 manual 第235页写的amber 力场二面角部分是Vn
[图片]
2. 而原始文献公式1： https://dx.doi.org/10.1021%2Fja00124a002
写的是1/2 Vn, 这两个哪一个对？
[图片]
amber程序最终用的哪一个公式？
A:
都对。
[图片]
[图片]
原文是直接按照V/2给的值
----------------------------------------------------
2016.10.17 17:28:06
Q:
请教大家一个问题，，做MD的时候不是会设一个初始温度300K与一个终态温度500K，但是我现在跑下来之后算了一下发现平均温度并不
等于我设置的终态温度，低了将近100K，那这个过程是不是算的不太好，，算出来的结构还能算是500K下得到的结构吗
A:
别看平均温度，看温度随时间变化曲线最后是否收敛到了终态温度
----------------------------------------------------
2016.10.17 18:15:20
Q:
[图片]这是什么错误啊
A:
用个像样点的泛函再试。LSDA算的结果会被秒拒。如果主流的诸如PBE，也是报这个错，说明你的体系里有些元素在DFT-D3中不支持
----------------------------------------------------
2016.10.17 18:22:56
Q:
在win系统虚拟机安装linux做计算，与直接安装linux计算效率是否相当？有没有了解的
关于虚拟机的两个问题(前提：不影响win系统流畅性为前提)：
1.我的内存为20G，分配虚拟机时给多少最好，
2.我的cpu是四核8线程，分配几个线程最好
[图片]
A:
[图片]
life
对于vmware虚拟机，效率相差小于5%
说虚拟机搞计算卡的要么没用过虚拟机就在那里胡说八道，要么设置不合理，别信。
分多少给虚拟机看你windows下跑多少任务，如果跑得很少，15GB都可以给虚拟机。4核都分给虚拟机。这种情况即便虚拟机里满载，若
如果只在windows下跑轻型任务，借助超线程，也不可能卡。
Q:
恩，谢谢！看来办公电脑用虚拟机安装linux是个不错的选择
这里的%cpu指的是线程数还是核数？@利刃
A:
life 不是这么说的。这是相对于一个核来说占的百分比，当前相当于占6个核的计算资源。
Q:
为啥不用linux, 20G足够了。但是CPU核数不多。可以按照线程计算？
gauss好像核数多了6个以上，要用linda多台机子并行
A:
跨节点才需要linda，单机SMP并行没有6核的限制
----------------------------------------------------
2016.10.17 19:12:56
Q:
[图片]
A:
收敛几率小于10%
----------------------------------------------------
2016.10.17 19:12:56
Q:
群主，什么时候办gromacs培训班？好想。
明年就没有钱去学了。
其他软件有些在单位用不上如VSAP，有些软件还真的不愿意学
A:
预计12月
----------------------------------------------------
2016.10.17 19:26:24
Q:
sob老师，想请教您一个问题。想计算几个HF在38-42%之间的小分子的UV-Vis光谱，那么基组应该选择 BMK 还是您网站写的PBE1PBE
这个基组
- -理解错了
A:
“HF在38-42%之间的小分子”描述完全错误，小分子怎么能这么说。成分是对泛函来说的。PBE0又明显不在这个范围内
----------------------------------------------------
2016.10.17 19:45:37
Q:
[图片] 老师，怎么用Multiwfn绘制这个分子轴上的电荷转移曲线
A:
看Multiwfn手册4.13.6节的例子
----------------------------------------------------
2016.10.17 21:48:30
Q:
请教Sob 老师，我用B3LYP/6-311++g(d，p)优化分子结构和能量，然后用CCSD/cc-pvtz 计算能量，但是我发现CCSD/cc-pvtz方法和
B3LYP/6-311++g(d，p)方法计算稳定点能量差只有几kcal/mol。但是CCSD/cc-pvtz方法和B3LYP/6-311++g(d，p)方法计算过渡态的能量差有
300多kcal/mol，请问是不是我用CCSD/cc-pvtz计算过渡态的时候哪里出错了？随后附我的输入和输出文件谢谢sob老师
A:
算单点，要么用CCSD(T)，要么甭用耦合簇。两种不同级别算的绝对能量没有可比性，算的势垒才有可比性
----------------------------------------------------
2016.10.17 22:21:46
Q:
老师，我这是电极反应，我想计算有机分子得失电子过程中的反应能垒，请给我指导一下大体要怎么办吧？谢谢老师，老师
A:
得失电子没有能垒的概念，除非是marcus理论定义的那种
Q:
没有过渡态
这是电极反应
我现在查的资料是可以用高斯算一下，重整化能，然后根据一个公式可以得到活化能，我没有计算过重整化能，有哪位老师计算过吗？
以上是根据电子转移理论的
[图片]
我现在就需要问一下怎样计算重整化能
A:
使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子
http://sobereva.com/330
----------------------------------------------------
2016.10.17 22:57:22
Q:
请问gmx的培训班通知什么时候发布
A:
大概11月下旬
Q:
sob老师卖讲义吗
A:
不卖
----------------------------------------------------
2016.10.17 22:57:59
Q:
A:
看文献里用的方法。如果是实验的文献，计算时考虑色散校正，PW91描述弱相互作用太烂
----------------------------------------------------
2016.10.17 23:16:26
Q:
Novel effects of strains in graphene and other two dimensional materials
求助一篇文献
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
----------------------------------------------------
2016.10.17 23:20:12
Q:
分子表面静电势图中的等势点指的是什么是0.001吗
A:
没有什么“等势点”这种概念，除非你作的是静电势等值面图，而非分子表面静电势填色图，后者通常通过电子密度=0.001 a.u.的等
值面定义分子表面。
----------------------------------------------------
2016.10.17 23:46:57
Q:
额，弱弱的问下大家
gaussian做opt优化后的坐标在out文件中能找到吗？
就是最下面的
[图片]
就是优化后的坐标吗？
A:
加大%mem
32bit windows版%mem最大约1500MB，64bit windows版没限制。我指的是Gaussian的位数不是操作系统位数
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2016.10.18 03:30:33
Q:
老师，您好！请问下一些基础的问题，再做opt=ts的时候，有人加noeigen，有人加noeigentest，这有啥区别啊！谢谢！！！
A:
一码事
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2016.10.18 03:53:48
Q:
http://apps.webofknowledge.com/full_record.do?
product=WOS&search_mode=GeneralSearch&qid=7&SID=3F8dvLFKJLN4sBbJZ2W&page=1&doc=1求文献
A:
字号不得超过12！！！！！严重刷屏！
直接发原文链接，甭发wos里的链接
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2016.10.18 03:58:03
Q:
老师，我用NAO分析轨道成分，做的是有关过氧自由基的，不知为啥只能分析Alpha的，不能分析beta的，我在想我是不是哪里理解错了
，看了轨道图明明两种电子的轨道都能显示，求指导，非常感谢
老师们，刚是说的我的么？[表情]
抱歉呀，我之前没注意到这个，对不住呀，现在应该是正常的了
A:
如果你是在Multiwfn里分析，在分析界面里通过3 Switch spin type, current: Alpha选项来切换分析哪种自旋的轨道
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2016.10.18 04:19:34
Q:
请问一下，Gaussian09 运行的作业如何停止呢
？？？
A:
to Score 用top，找对应的pid，按k再输入pid
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2016.10.18 04:34:31
Q:
社长，我想知道
①除了方法和溶剂化模型能使计算结果与实验结果更好地吻合外，还有什么因素影响它呢？也就是影响发射光谱的红移和蓝移？条件是
溶剂不能换。
②我用wb97XD高估发射能较严重，想换一个比他HF含量稍少一点的，但是M062X我用过了是低估的。
[图片] 我感觉这个方法应该能比wb97xd红一点
这个进程和这个远程的意思我不是很明白，在交换相互作用中考虑更远处的电子和目标原子的作用吗？
A:
直接影响整体红移蓝移的也就这俩因素，其它因素都是影响诸如峰形等细节的。柔性分子对构象的考虑也会影响结果。
M11可以试
CAM-B3LYP也试试
不同构象的光谱会有所不同，必要时候需要用玻尔兹曼加权平均来得到实际光谱
Q:
sob老师，激发态S1的能量是最后给出的HF还是下面这个图片给出的啊？
[图片]
激发态优化最后的HF能代表什么啊
A:
这个态总能量就是E(TD-HF/TS-KS)后面那个
Q:
那对T1态也是了是吧？
这样的话，最后给出的HF能说明什么呢，sob老师
A:
甭管那个
Q:
恩恩，好的。谢谢sob老师，那我以后看激发态能量的时候就看是E(TD-HF/TS-KS)后面的能量了。
sob老师，我还有一个不太明白的地方，激发态的能量是对应于优化好的结构计算的激发态读取E(TD-HF/TS-KS)后面的能量还是在基态结
构下计算激发时读E(TD-HF/TS-KS)后面的能量？@Sobereva
A:
看你的目的，拿它干什么
每个结构下都有激发态的能量
Q:
sob老师，我只想弄明白S1激发态自身的能量是怎么算的
A:
E(TD-HF/TS-KS)这个就是啊
Q:
算这个的时候我是得先拿到激发态的结构是吗？sob老师
A:
看你的目的
拿什么结构算S1能量不说清楚目的怎么回复
Q:
那sob老师的意思是说不同情况下，S1的能量不相同是么？现在有这些情况，我想比较S1态的能量和T1态的能量的大小，在做td优化的时
候最后会给出一个HF能，可是如果用开壳层计算T1结构优化的话，最后的能量是高于用TD优化S1结构最后给出的能量的，所以我想弄明白T1
态的能量和S1态的能量比较的时候怎么选择
A:
你这是算deltaE_ST，单三重态能量差，既可以算垂直的，也可以算绝热的，先弄清楚算哪种
[图片]
Q:
sob老师，这个我都明白
我不清楚的是所谓的S1态的能量怎么算的，就是Eve(S1)的起点位置的能量
A:
算垂直的就用S0优化的结构，做TD计算
Q:
算出来的垂直激发能是delta E ST 还是 E VA(S1)?
这样计算的话最后给出的hf能是我说的那一点的能量还是E(TD-HF/TS-KS)这个值是那个点的能量
A:
干嘛非要看末尾那个什么HF能
你在S0优化好的结构下，用0 1，结合TD，默认情况下得到的E(TD-HF/TS-KS)就是S0结构下S1的总能量
没法说得更明白了
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2016.10.18 05:01:25
Q:
各位老师，怎么用multiwfn画出uv-vis中的展宽图呢？
就像这样的[图片]
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
Q:
谢谢sob大神，我看的就是您写的这个～～
刚才也试着设置了FWHM的值
是不是这个值的设置要有一定的经验？不好意思问这么简单的问题，因为刚刚开始学～～
A:
没特殊情况就用默认值
Q:
好的，谢谢Sob老师！我试着改变FWHM的值，发现改变的是最后总的吸收谱的形状，老师，如果我要画出您图中那种S0-S2的那种对每个
跃迁的展宽图，应该怎么画呢？
A:
[图片]
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2016.10.14 00 ~ 2016.10.18 06 Concate.txt

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