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[其它程序] 求助 利用packmol建立氧化石墨烯膜的问题

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我目前想要构建的体系的是一种GO中间夹层COF的复合膜,并用gromacs跑分子动力学,我想用packmol构建出来下图的这种模型,请问应该怎么限制这些分子的平行和在z轴和y轴之间的间距。

202403132100264020..png (269.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

202403132100264020..png

go-x.pdb

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AOCOF-x.pdb

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发表于 Post on 2024-3-13 21:14:55 | 只看该作者 Only view this author
直接用insert-molecules,明确定义坐标



并且结合对朝向的控制

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-13 21:25:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-13 21:14
直接用insert-molecules,明确定义坐标

谢谢sob老师 我去试一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-13 22:06:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-13 21:14
直接用insert-molecules,明确定义坐标

问题还是没有解决 还是不在一个平面内 sob老师您发的第二个-rot关键词应该怎么用 我也是刚刚开始接触gromacs

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发表于 Post on 2024-3-14 09:17:50 | 只看该作者 Only view this author
sj1422911729 发表于 2024-3-13 22:06
问题还是没有解决 还是不在一个平面内 sob老师您发的第二个-rot关键词应该怎么用 我也是刚刚开始接触grom ...

显然确保插入的单分子结构文件里是平行于XY的,然后这里用none免得随机旋转
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-14 10:36:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-14 09:17
显然确保插入的单分子结构文件里是平行于XY的,然后这里用none免得随机旋转

就是首先要保证pdb文件中我的分子都是平行于XY的 再用gmx insert-molecules -box XXX -ci go.pdb -o go.gro -ip pos.dat -rot none 设置合理的间距是不是就可以了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-14 12:06:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-14 09:17
显然确保插入的单分子结构文件里是平行于XY的,然后这里用none免得随机旋转

谢谢sob老师 成功了

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