关于计算机配置能否运行FEP自由能微扰计算与FEP软件的存疑

akk · 发表于 Post on 2023-7-9 12:57:36

本帖最后由 akk 于 2023-7-9 12:58 编辑

本人最近想购置一套与sob老师推荐配置相似的台式电脑（高性价比，11400左右）用于计算化学。但对于计算化学FEP计算如（gromacs的PyAutoFEP等）存疑，不知道这个软件发展是否成熟。以及该配置能否用于FEP的计算（感觉可以，都是分子动力学相关）？不知有前人能否帮忙指点一下，谢谢各位老师。

计算机配置如下
高性价比分子动力学推荐配置
CPU：Intel i5 13600KF
主板：华硕 PRIME B760M-K D5
散热器：雅浚 GRATIFY 5
显卡：影驰 RTX4070Ti 金属大师 OC
硬盘：威刚 XPG S70B 1T
内存：影驰星曜 D5 6000 16*2
电源：先马 XP850 白金 ATX 3.0
机箱：华硕 A21 追影黑
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装
总价：约11400左右

pineapple2 · 发表于 Post on 2023-7-13 17:12:02

同样想问什么样的配置能跑FEP

zfb601 · 发表于 Post on 2023-7-13 19:42:50

能算MD的配置跑FEP基本上都没啥问题。个人感觉PyAutoFEP默认配置计算结果很不精确，远差于薛定谔的FEP+，甚至不如学术版本的Desmond ligand FEP.

frank666 · 发表于 Post on 2023-7-13 21:03:55

zfb601 发表于 2023-7-13 19:42
能算MD的配置跑FEP基本上都没啥问题。个人感觉PyAutoFEP默认配置计算结果很不精确，远差于薛定谔的FEP+，甚 ...

您好，因为我也有用desmond跑动力学，不过是学术版的，请问额外的FEP+价格贵吗，操作方面会很复杂吗

zfb601 · 发表于 Post on 2023-7-17 10:38:27

frank666 发表于 2023-7-13 21:03
您好，因为我也有用desmond跑动力学，不过是学术版的，请问额外的FEP+价格贵吗，操作方面会很复杂吗

很贵，单独FEP+的license要十万刀每年每4卡GPU。卡数越多肯定越贵，但是确实好用，本人学识尚浅，不知道各种开源方法怎么设置，但是我目前没有找到比FEP+更精确的方案。

zfb601 · 发表于 Post on 2023-7-17 10:39:05

frank666 发表于 2023-7-13 21:03
您好，因为我也有用desmond跑动力学，不过是学术版的，请问额外的FEP+价格贵吗，操作方面会很复杂吗

操作都是傻瓜式的，鼠标点一点，跑就是了

frank666 · 发表于 Post on 2023-7-17 12:23:43

如果确实比同类的软件更加精确而且上手难度更低的话，贵也是有道理的。谢谢回答

caoyx0612 · 发表于 Post on 2023-7-19 14:15:19

我目前也在用Desmond学术版，计算的结果不稳定，不知道是准备过程中的问题还是本身的计算结果有误差造成。

akk · 发表于 Post on 2024-1-28 14:35:24

zfb601 发表于 2023-7-13 19:42
能算MD的配置跑FEP基本上都没啥问题。个人感觉PyAutoFEP默认配置计算结果很不精确，远差于薛定谔的FEP+，甚 ...

感谢前辈的回复，非常感谢

bobojin · 发表于 Post on 2024-3-12 17:38:56

请问谁有desmond学术版的安装包呢? 可以私信分享一下吗~ 我也用学生邮箱申请了但是没能跳转下载链接，也没有邮件回复...

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[配置讨论] 关于计算机配置能否运行FEP自由能微扰计算与FEP软件的存疑