聚合物真空模拟后的坐标过大，如何调整才能使其和蛋白质体系在一起？

YuniJ · 发表于 Post on 2024-3-14 09:23:11

将聚合物在真空下模拟后蜷缩到一定程度发现其gro文件中原子坐标大部分在25以上，而蛋白质-小分子体系的gro文件的原子坐标在1-3左右，如何调整聚合物的gro才能将其插入到蛋白质-小分子体系的盒子中？

YuniJ · 发表于 Post on 2024-3-14 09:30:22

已解决，使用了editconf的-translate的参数

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[GROMACS] 聚合物真空模拟后的坐标过大，如何调整才能使其和蛋白质体系在一起？