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[GROMACS] 膜和蛋白体系加电压,请问电场的数值是用电压值除以体系盒子的尺寸吗?

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我的体系是四个蛋白和一个混合生物膜,要给体系z方向加5V电压,用的平台是gromacs。gromacs加电压的方式是在mdp文件中加电场,单位是V/纳米。盒子尺寸我是从gro文件末尾读出来的。想请教两个问题:
1.如果盒子的尺寸是10x10x10(nm^3),那么电场是不是5V/10nm=0.5Vnm?


2.文献中说加5V电压,是不是代表模拟也是5V?
3..我在mdp里加了描述电场的一行之后,进行mdrun的命令时,出现下图中的报错,请问是为什么?

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发表于 Post on 2021-12-16 15:18:53 | 只看该作者 Only view this author
1、2是

3 先不加电场或者只加非常小的电场再试。如果只有大电场时候崩溃,把步长设很小再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-16 15:23:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-16 15:18
1、2是

3 先不加电场或者只加非常小的电场再试。如果只有大电场时候崩溃,把步长设很小再试

明白啦,谢谢老师指点!

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发表于 Post on 2024-3-21 01:16:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-16 15:18
1、2是

3 先不加电场或者只加非常小的电场再试。如果只有大电场时候崩溃,把步长设很小再试

请问sob老师,0.5V/nm的电场强度是不是太高了,现实实验中会用到这么高的场强吗

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