计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2342|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] gromacs能量最小化命令报错如何解决呢

[复制链接 Copy URL]

17

帖子

0

威望

137

eV
积分
154

Level 3 能力者

本帖最后由 @LWS 于 2024-3-23 10:18 编辑

各位大神好,我有以下问题需要请教,谢谢大家。
我用gromacs对以苯为溶质,甲烷为溶剂的体系进行模拟。我先是建了一个  一个苯分子的4×4×4的盒子,然后在盒子中加入了100个甲烷分子。命令如下:
①gmx insert-molecules -ci ben.gro -nmol 1 -box 4 4 4 -o ben_box.gro
②gmx insert-molecules -ci ch4.gro -nmol 100 -f ben_box.gro  -o ben_ch4.gro


1、gromacs中能量最小化命令gmx grompp -f minim.mdp -c ben_ch4.gro -p topol.top -o em.tpr 中topol.top是苯+甲烷的信息吗?
2、topol.top文件中的atomtypes是我将苯和甲烷的itp中atomtypes复制过来的。
3、我执行能量最小化命令时,报错如下,想请教各位此报错如何解决呢?
谢谢大家。

微信截图_20240323095959.png (159.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

微信截图_20240323095959.png

topol.top

763 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4

ben.itp

7.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

ch4.itp

2.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-3-23 10:41:12 | 只看该作者 Only view this author
老生常谈的问题。以后遇到报错先把报错放到论坛首页google框搜,避免重复提问

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

17

帖子

0

威望

137

eV
积分
154

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-23 15:49:45 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师。老师,我的这个顺序是对的呀。但还是报错。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 21:16 , Processed in 0.407050 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list