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[GROMACS] 求助:做不含水二元体系能量最小化时输出index.ndx文件发现分类中出现了水

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打扰各位老师!刚接触gromacs的新手请教一个问题:在做三氯甲烷和四氢吡喃二元体系的能量极小化时,发现索引文件里出现了water的分类,但是并没有添加水。而且水和非水的分组分别对应了两种组分,如图所示。请问这是怎么回事?模拟的结果是否会受到影响?后续进行平衡相和产生相计算时是否会影响结果?模拟相关的力场等文件附在压缩包里。

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ndx文件中的分类

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所用力场等文件

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发表于 Post on 2024-3-26 00:10:13 | 只看该作者 Only view this author
有残基名叫SOL的就会自动当成Water组,判断规则在top目录下的residuetypes.dat里。显然甭管它就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-26 09:29:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-26 00:10
有残基名叫SOL的就会自动当成Water组,判断规则在top目录下的residuetypes.dat里。显然甭管它就完了

原来是这样!感谢sob老师答疑解惑!还有一个疑问:我在将两种组分的命名改为CHCl和CHO后,计算能量极小化时会很难收敛,继续计算平衡相也有一定概率报错,但最终的计算结果不论是总能量和密度都没有超过三位数的差别。其他都没有更改,请问为什么会出现这种情况呢?

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发表于 Post on 2024-3-26 14:25:59 | 只看该作者 Only view this author
百里荆途 发表于 2024-3-26 09:29
原来是这样!感谢sob老师答疑解惑!还有一个疑问:我在将两种组分的命名改为CHCl和CHO后,计算能量极小化 ...

我不清楚你改的具体什么位置
搞清楚gromacs处理文件的机制、注意看grompp的各种提示判断。对于模拟报错/崩溃,注意看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-26 16:44:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-26 14:25
我不清楚你改的具体什么位置
搞清楚gromacs处理文件的机制、注意看grompp的各种提示判断。对于模拟报错/ ...

明白了!非常感谢Sob老师!

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