gaussian进行功能单体筛选求助

xiewei · 发表于 Post on 2024-4-3 18:24:25

老师您好，我是做分子印迹的，分子印迹由模板和功能单体组成，我想用gaussian通过结合能计算进行功能单体的筛选，然后我选择的功能单体是低共融溶剂，低共融溶剂涉及到离子分子，下面这个图是我将优化过的模板和功能单体组合进行结构优化的结果，左边部分是模板，右边整体是功能单体，右边的单体是由一分子的氯化胆碱和两分子的尿素组成的低共融溶剂，我在结构优化的时候加了溶剂模型和色散校正，后面要计算结合能会加上BESS校正能。因为涉及到了离子分子，我想请问用gaussian这样计算进行功能单体的筛选可行吗？还是需要使用分子动力学的软件来进行呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-3 21:34:54

直接手动这么摆很容易优化到能量相对较高的复合物的局部极小点，最好做复合物构型搜索，参考
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

做构型搜索不意味着非得跑动力学。诸如利用genmer创建初始构型就不需要

xiewei · 发表于 Post on 2024-4-3 22:26:42

sobereva 发表于 2024-4-3 21:34
直接手动这么摆很容易优化到能量相对较高的复合物的局部极小点，最好做复合物构型搜索，参考
使用molclus ...

谢谢老师，我学习一下

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