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[其它程序] Tinker如何统计体系中各个分子的电荷

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一个水盒子体系,用tinker跑了一个NPT,老师让统计每个水分子的电荷(我试过VMD的get charge命令取出全是零),请求帮助谢谢大家。

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发表于 Post on 2022-8-26 13:50:27 | 只看该作者 Only view this author
如果是不可极化力场(具体来说,原子电荷不是动态更新的那种),每个水分子的净电荷始终精确为0,没有算的意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-26 15:22:52 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师,但我用的就是amoeba可极化力场

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-26 15:23:18 | 只看该作者 Only view this author
这是我的key文件

202208261502557391..png (36.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

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发表于 Post on 2022-8-26 15:30:17 | 只看该作者 Only view this author
我不用tinker,反正免不了得自己写程序。先搞清楚实时的原子电荷存在什么文件里。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-26 15:36:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-26 15:30
我不用tinker,反正免不了得自己写程序。先搞清楚实时的原子电荷存在什么文件里。

好的谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-8-26 18:02:40 | 只看该作者 Only view this author
AMOEBA也是0。可极化动的是偶极,不是总电荷。电荷转移是另外的东西。

AMOEBA最好用OpenMM跑

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-26 20:53:06 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2022-8-26 18:02
AMOEBA也是0。可极化动的是偶极,不是总电荷。电荷转移是另外的东西。

AMOEBA最好用OpenMM跑

哦哦这样啊,谢谢cc您的解答

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发表于 Post on 2024-4-5 09:57:55 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2022-8-26 18:02
AMOEBA也是0。可极化动的是偶极,不是总电荷。电荷转移是另外的东西。

AMOEBA最好用OpenMM跑

那请问这个电荷转移后会更新每个原子的电势能或者说电荷吗?还是仍然不变?

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发表于 Post on 2024-4-5 11:20:59 | 只看该作者 Only view this author
AMOEBA只有原子偶极部分是浮动的,原子电荷和原子四极部分是死的,偶极变了静电势当然会变

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