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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 请教如何搭建交联聚合物

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[GROMACS] 请教如何搭建交联聚合物

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楼主

发表于 Post on 2022-6-1 20:12:22 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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我想向大家请教一下搭建交联聚合物，我是利用MS把聚合物链搭建好，然后交联位点是手动搭建，跑GROMACS一直报错初始结构有问题，我想问大家有什么解决办法吗，我试过退火，试过能量最小化修改参数，问题一直没解决。近期看到有人用Polymatic，但是看完手册因为lammps没有用过，不知道如何操作。请问有做过类似工作有经验的同学吗？

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2^#

发表于 Post on 2022-6-2 01:20:41 | 只看该作者 Only view this author

“报错初始结构有问题”指代不明，把问题描述具体
搞清楚正常跑不了的原因，参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

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3^#

发表于 Post on 2022-7-4 11:20:21 | 只看该作者 Only view this author

你可以试试用ms做自启发式交联，网上有资料专门讲解过，试着找找看，我就是用ms做的交联，结构非常合理

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发表于 Post on 2022-11-17 15:32:36 | 只看该作者 Only view this author

leonardomessi 发表于 2022-7-4 11:20
你可以试试用ms做自启发式交联，网上有资料专门讲解过，试着找找看，我就是用ms做的交联，结构非常合理

能不能麻烦您提供一下这个资料来源，我也希望用MS做交联，但是没有找到资料，麻烦您了，感激不尽！

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5^#

发表于 Post on 2022-11-17 17:00:53 | 只看该作者 Only view this author

leonardomessi 发表于 2022-7-4 11:20
你可以试试用ms做自启发式交联，网上有资料专门讲解过，试着找找看，我就是用ms做的交联，结构非常合理

请问可以方便分享一下自启发交联相关的资料或者网址嘛

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发表于 Post on 2024-4-5 19:31:04 | 只看该作者 Only view this author

本帖最后由 Real 于 2024-4-5 19:32 编辑

leonardomessi 发表于 2022-7-4 11:20
你可以试试用ms做自启发式交联，网上有资料专门讲解过，试着找找看，我就是用ms做的交联，结构非常合理

请问在MS中需要先取消周期性，然后再进行交联吗，因为具有超出模拟盒子的键好像不能导出.mol2

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