分子动力学模拟浓度与实验体系相差较大时如何评估模拟结果的拓展性？

Markmahao · 发表于 Post on 2023-7-15 08:21:53

各位老师好，如题。我们模拟了一个水溶液中分子聚集的体系，已经尽可能的接近实验使用的浓度值，但是当前的模拟体系还是比实验浓度高了100倍左右（现象是相符的）。请教各位老师，这种情况下我是否能说明在这个浓度的现象也是这样？或者有没有文献讲过类似的事情？还是说我就不讲浓度了，只讲现象，可浓度不匹配会不会被问呢。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-15 15:46:45

可以做若干种不同浓度的计算，外推到实验浓度

Markmahao · 发表于 Post on 2023-7-17 08:49:24

wzkchem5 发表于 2023-7-15 15:46
可以做若干种不同浓度的计算，外推到实验浓度

谢谢老师的解答，如果这个是最低浓度，分子模拟不能算更低了，是不是就要做高一些的浓度呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-7-17 16:37:41

Markmahao 发表于 2023-7-17 01:49
谢谢老师的解答，如果这个是最低浓度，分子模拟不能算更低了，是不是就要做高一些的浓度呢？

对，这是可以接受的做法，但是与其只算一个高浓度，不如算好几个高浓度，然后把结果线性外推到实验的低浓度

Markmahao · 发表于 Post on 2023-7-18 07:28:57

wzkchem5 发表于 2023-7-17 16:37
对，这是可以接受的做法，但是与其只算一个高浓度，不如算好几个高浓度，然后把结果线性外推到实验的低浓 ...

明白了，谢谢老师！

莫雨萱 · 发表于 Post on 2024-4-7 11:04:46

Markmahao 发表于 2023-7-18 07:28
明白了，谢谢老师！

你好，我最近也遇到了这个问题，困扰好久了。最后实现结果线性外推到实验浓度具体是如何做到的呢？有相关文献推荐吗？

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[GROMACS] 分子动力学模拟浓度与实验体系相差较大时如何评估模拟结果的拓展性？