求助：namd minimization环节提示原子速度过快

Mohan · 发表于 Post on 2025-10-18 16:55:01

在模拟多肽minimization阶段总是提示某个原子速度过快，且减小步长，增大margin也没有办法解决，请问一下这种情况该怎么从结构上找问题呢？实在是不知道怎么看多肽结构哪里出问题了
（流程是先用突变脚本突变了7肽中1、5、6位的肽，然后加溶剂，限制之后，minimization）

student0618 · 发表于 Post on 2025-10-18 17:09:02

VMD打开看有没有原子重叠

Mohan · 发表于 Post on 2025-10-18 17:21:28

student0618 发表于 2025-10-18 17:09
VMD打开看有没有原子重叠

你好，我看了一下，苯丙氨酸PHE上的苯环上的H和苯环不在一个平面，但是没有发现有重叠的，这个会是原因吗

Mohan · 发表于 Post on 2025-10-18 17:39:24

Mohan 发表于 2025-10-18 17:21
你好，我看了一下，苯丙氨酸PHE上的苯环上的H和苯环不在一个平面，但是没有发现有重叠的，这个会是原因吗

你好，确实是有H原子重叠，但是不是报错里提到速度过快的原子，请问这种情况要怎么解决

fhh2626 · 发表于 Post on 2025-10-20 10:57:00

minimization是不会出现原子速度过快的错误的，你这是模拟步骤。你可以先调大minimize的步数再开始模拟

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