如何在gromacs结果分析中得到CDF（combined distribution function）？

sungl123456 · 发表于 Post on 2020-8-17 16:54:05

在有机小分子的MD文献中我看到在分析完RDF后会接着分析CDF（combined distribution function），能够得到如下图所示的图，下图是文献中关于讨论阴离子[DMP]-和甲醇分子的氧原子之间的CDF图，想请教老师如何得到这个图的

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-17 20:14:26

自己写程序，对每一帧都计算r1和r2值，得到散点数据，即每一帧对应一个(r1,r2)点。然后转化成不同r1,r2位置的概率密度数据，在sigmaplot、origin之类程序里绘制成填色图就完了

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2020-8-19 02:48:48

我以前写过一个awk脚本用来绘制free energy surface。你要是想在我的脚本的基础上修改的话，你自己重新写一个END部分。

2d.awk (4.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

ulosggs · 发表于 Post on 2020-8-19 07:42:26

sungl123456 · 发表于 Post on 2020-8-19 10:42:53

Daniel_Arndt 发表于 2020-8-19 02:48
我以前写过一个awk脚本用来绘制free energy surface。你要是想在我的脚本的基础上修改的话，你自己重新写一 ...

表示感谢

qiyan · 发表于 Post on 2022-6-13 14:28:21

同学你这个问题解决了吗，你是自己写的脚本，还是travis做的啊

Jotaro · 发表于 Post on 2022-6-13 14:49:13

qiyan 发表于 2022-6-13 14:28
同学你这个问题解决了吗，你是自己写的脚本，还是travis做的啊

TRAVIS简单些不需要自己写脚本，麻烦的地方在于TRAVIS需要pdb格式的轨迹，同时需要gnuplot绘图

qiyan · 发表于 Post on 2022-6-14 19:44:31

Jotaro 发表于 2022-6-13 14:49
TRAVIS简单些不需要自己写脚本，麻烦的地方在于TRAVIS需要pdb格式的轨迹，同时需要gnuplot绘图

感谢大佬的回答，我在travis上试了一下CDF制作，然后用gromacs打开是这样的，生成的matrix.csv、triples.csv和.agr文件怎么处理呢，gnuplot这个软件没用过，导入什么文件进行绘图呢

neocc · 发表于 Post on 2022-6-14 21:06:05

本帖最后由 neocc 于 2022-6-14 21:08 编辑

qiyan 发表于 2022-6-14 19:44
感谢大佬的回答，我在travis上试了一下CDF制作，然后用gromacs打开是这样的，生成的matrix.csv、triples. ...

gnuplot 官方有个demo网站，里面有个等高线绘制案例，不知道能否满足arg文件的要求，画出cdf
http://gnuplot.sourceforge.net/demo_5.4/contours.html

Jotaro · 发表于 Post on 2022-6-15 18:42:15

qiyan 发表于 2022-6-14 19:44
感谢大佬的回答，我在travis上试了一下CDF制作，然后用gromacs打开是这样的，生成的matrix.csv、triples. ...

TRAVIS计算完成后会有对应的gnuplot绘图脚本，安装后运行就可以了。windows下双击脚本就可绘图，linux忘记怎么用了

qiyan · 发表于 Post on 2022-6-16 14:05:35

本帖最后由 qiyan 于 2022-10-25 15:55 编辑

Jotaro 发表于 2022-6-15 18:42
TRAVIS计算完成后会有对应的gnuplot绘图脚本，安装后运行就可以了。windows下双击脚本就可绘图，linux忘 ...

谢谢大佬，在win版本双击.gp脚本

qiyan · 发表于 Post on 2022-10-25 15:54:29

Jotaro 发表于 2022-6-15 18:42
TRAVIS计算完成后会有对应的gnuplot绘图脚本，安装后运行就可以了。windows下双击脚本就可绘图，linux忘 ...

大佬，再次打扰一下。审稿人让CDF做出的图统一标尺（不同浓度下的），如何修改Travis生成的脚本文件，达到这个目的呢

Jotaro · 发表于 Post on 2022-10-26 14:12:20

qiyan 发表于 2022-10-25 15:54
大佬，再次打扰一下。审稿人让CDF做出的图统一标尺（不同浓度下的），如何修改Travis生成的脚本文件，达 ...

修改gnuplot脚本里面的级别

qiyan · 发表于 Post on 2022-10-26 16:02:13

本帖最后由 qiyan 于 2022-10-26 16:15 编辑

Jotaro 发表于 2022-10-26 14:12
修改gnuplot脚本里面的级别

大佬，不太明白。请详细指点一下吧，非常感谢。是生成的.gp文件吗，修改哪里啊。

Jotaro · 发表于 Post on 2022-11-4 17:39:59

qiyan 发表于 2022-10-26 16:02
大佬，不太明白。请详细指点一下吧，非常感谢。是生成的.gp文件吗，修改哪里啊。

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