求助在gromacs模拟的过程中要限制某几组原子之间的距离

fwan1006 · 发表于 Post on 2019-11-16 14:48:57

我想在蛋白质-配体动力学模拟的过程中将配体和蛋白质之间的某组原子之间的距离限制在0.35nm之内

这个前面i，j的参数是原子的序号吗，那对于蛋白质和配体不同分子上的原子我应该具体怎么设置呢？
在top文件里有受体的原子序号，两个配体各自在自己的itp文件里有自己的原子序号，这样我要怎么写这个i，j呢？它们是不是在哪有统一的序号呢？

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-11-16 22:32:18

用intermolecular_interactions，然后写gro文件里的原子序号。
http://manual.gromacs.org/curren ... ecular_interactions

fwan1006 · 发表于 Post on 2019-11-17 13:20:24

本帖最后由 fwan1006 于 2019-11-17 13:57 编辑

wuzhiyi 发表于 2019-11-16 22:32
用intermolecular_interactions，然后写gro文件里的原子序号。
http://manual.gromacs.org/current/refere ...

你好，index那一列应该怎么写呢？按顺序往下写吗？还是要先make_ndx？跑的时候需要在mdp文件里写什么吗？
谢谢！！！

fwan1006 · 发表于 Post on 2019-11-17 14:06:28

wuzhiyi 发表于 2019-11-16 22:32
用intermolecular_interactions，然后写gro文件里的原子序号。
http://manual.gromacs.org/current/refere ...

这是我写入topol文件里的，然后给体系加离子的时候报的错，

是说我把距离限制加到两个不同分子的原子上了？可是我的目的就是限制住小分子和蛋白之间的距离，请问怎么解决呢？
谢谢！！！

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-11-17 19:06:58

[ intermolecular_interactions ]
[distance_restraints]
然后一样写

fwan1006 · 发表于 Post on 2019-11-18 11:59:19

wuzhiyi 发表于 2019-11-17 19:06
[ intermolecular_interactions ]
[distance_restraints]
然后一样写

十分感谢！然后我是要在每一步需要用到的mdp文件里都加入下面这些参数对吗？
disre             = Simple
disre-weighting    = Conservative
disre-mixed       = no
disre-fc          = 1.0
disre-tau          = 0
nstdisreout       = 100

fwan1006 · 发表于 Post on 2019-11-18 12:06:12

wuzhiyi 发表于 2019-11-17 19:06
[ intermolecular_interactions ]
[distance_restraints]
然后一样写

两行直接写在一起吗，好像无效。这个[ intermolecular_interactions ]怎么用。。。

、

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-11-18 21:05:54

不用写 top文件最后就行

15810593730 · 发表于 Post on 2020-7-25 15:28:46

wuzhiyi 发表于 2019-11-18 21:05
不用写 top文件最后就行

参考了很多帖子，大家主要是迈不开out of bounds的问题，像您说的直接加 [ intermolecular_interactions] 后，我也遇到了楼主一样的报错，'invalid order ...'。类似地，我是想对同类型分子的不同分子进行距离限制（其实就两个溶质分子），于是我把两个溶质分子的itp文件合并并修改成了一个，但却又遇到了table-extention distance的问题，对于我的体系，到底如何进行距离限制呢？期待您的帮助，小生多谢。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-7-26 21:58:53

写在这个后面
[ molecules ]
O             2
SOL 1302

[ intermolecular_interactions]
[ bonds ]
; ai    aj type bA    kA    bB    kB
2584  2088 6    2.536 1000.0
这样

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-15 21:17:54

wuzhiyi 发表于 2020-7-26 21:58
写在这个后面
[ molecules ]
O 2

请问一下带有金属离子的蛋白可以用这样的方法进行限制，防止它MD时跑飞么？

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-15 21:31:51

wuzhiyi 发表于 2020-7-26 21:58
写在这个后面
[ molecules ]
O 2

这是我的top文件，我不晓得应该如何进行限制，格式上书写不是很明白，希望你看到后，可以解答一下，非常感谢

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-9-17 05:17:27

琦锅锅发表于 2020-9-15 21:31
这是我的top文件，我不晓得应该如何进行限制，格式上书写不是很明白，希望你看到后，可以解答一下，非常 ...

这样啊
[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound       #mols
Protein_chain_A    1
Ion_chain_A2       1
targetx          1
SOL          11990
SOL          11990

[ intermolecular_interactions]
[ bonds ]
; ai    aj type bA    kA    bB    kB
2584  2088 6    2.536 1000.0
2584和2088换成gro文件里的id

琦锅锅 · 发表于 Post on 2020-9-18 09:11:49

wuzhiyi 发表于 2020-9-17 05:17
这样啊
[ system ]
; Name

这种与【distance_restraints】效果是一样的么？请问bA kA bB kB一般是填写什么信息

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-9-19 17:49:12

琦锅锅发表于 2020-9-18 09:11
这种与【distance_restraints】效果是一样的么？请问bA kA bB kB一般是填写什么信息

bond 是distance_restraints的特殊情况
bA 距离 kA 强度后面两个是fep的

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