求助：关于溶剂化表面和康纳利表面

平安 · 发表于 Post on 2020-5-21 16:26:34

大家好，我想以水分子为分子探针分析模型的自由体积分数，想请教康纳利表面和溶剂化表面有什么区别？另外还想请问一下参数怎么设置，我看ms中康奈利表面需要设置vdW scale factor，connolly radius。溶剂化表面需要设置Max. solvent radius 和default isosurface，这些参数中哪个是与水分子半径有关的参数。谢谢大家。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-5-21 17:33:19

第一个问题参考http://bbs.keinsci.com/thread-6682-1-1.html中的附图。

仅从名字从猜测，connolly radius和Max. solvent radius应当是与溶剂相关的量，其余两个应当是与溶质分子相关的量，不过我不了解MS，不确定。

平安 · 发表于 Post on 2020-5-22 09:14:34

谢谢老师

ling0123 · 发表于 Post on 2021-4-25 23:21:55

您好，我也有这方面问题，还有其中的分子探针怎么做您知道吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-3 03:18:50

ling0123 发表于 2021-4-25 23:21
您好，我也有这方面问题，还有其中的分子探针怎么做您知道吗

“分子探针怎么做”莫名其妙
本来程序在计算的时候自动就会用一个溶剂球当做探针，只有半径是可调的

大村驴 · 发表于 Post on 2024-4-11 13:00:43

liyuanhe211 发表于 2020-5-21 17:33
第一个问题参考http://bbs.keinsci.com/thread-6682-1-1.html中的附图。

仅从名字从猜测，connolly radi ...

感谢，我找这个图死活想不起来是在哪里看到的了

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