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[GROMACS] tip4p-ice.itp水模型放到不同力场如何修改参数?

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楼主
各位老师同学好,想问大家一下,sob老师的这个tip4p-ice.itp的水模型,如果放到charmm力场当中,需要如何修改,是只需要将atomtypes改变一下嘛?比如之前是OW_ice,现在改成OWT4_ice,不知道这样做是否是正确的?


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发表于 Post on 2023-12-21 03:54:50 | 只看该作者 Only view this author
把当前itp文件里利用的自定义的原子类型加入到ffnonbonded.itp的[atomtypes]里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-21 10:45:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-21 03:54
把当前itp文件里利用的自定义的原子类型加入到ffnonbonded.itp的[atomtypes]里

老师,我可不可以这样理解,名字是无所谓的,比如OW_ice和OWT4_ice都是一样的,主要是将后面的参数导入ffnonbonded.itp的[atomtypes]里。

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发表于 Post on 2023-12-22 01:43:44 | 只看该作者 Only view this author
moni0823 发表于 2023-12-21 10:45
老师,我可不可以这样理解,名字是无所谓的,比如OW_ice和OWT4_ice都是一样的,主要是将后面的参数导入ff ...

原子类型名字随便起(但至少别和已有的冲突),只要当前水模型里的原子类型在[atomtypes]里添加进行定义就行了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-22 11:15:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-22 01:43
原子类型名字随便起(但至少别和已有的冲突),只要当前水模型里的原子类型在[atomtypes]里添加进行定义 ...

好的,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2024-4-14 16:02:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-22 01:43
原子类型名字随便起(但至少别和已有的冲突),只要当前水模型里的原子类型在[atomtypes]里添加进行定义 ...

您好老师,您的tip4p-ice.itp的参数设置来源于哪里

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发表于 Post on 2024-4-15 06:15:06 | 只看该作者 Only view this author
动力学 发表于 2024-4-14 16:02
您好老师,您的tip4p-ice.itp的参数设置来源于哪里

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里我直接提供了我写的itp文件,本论坛里可能之前我也分享过,首页google框搜。如果你是指里面的具体值来自哪里,去看TIP4P-ice水模型原文。
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