求助如何解决力场文件无法识别原子的问题

猴子好坏 · 发表于 Post on 2020-10-12 22:58:17

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ffnonbonded.txt (4.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

HPE.pdb (410.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

请问下要怎么解决这个问题，如果按照力场文件来调整修改受体文件里面原子类型，该把CG2修改成什么原子呢？

snljty · 发表于 Post on 2020-10-12 23:31:43

可以对照IUPAC的规定看一下。Pure & Appl. Chem., 70, 117(1998)

γ就是G。
应该是把结构文件中某个碳改成CG2。

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2020-10-13 08:55:24

Gama C找不到，检查一下是不是名字不叫CG2,THR上的某个C改过来就好

猴子好坏 · 发表于 Post on 2020-10-13 21:34:22

本帖最后由猴子好坏于 2020-10-13 21:35 编辑

DoubeeTwT 发表于 2020-10-13 08:55
Gama C找不到，检查一下是不是名字不叫CG2,THR上的某个C改过来就好

嗯嗯，改了之后原子错误的名字换成了被我修改的那个，然后也试了试对源文件拓扑也出现同样错误

猴子好坏 · 发表于 Post on 2020-10-13 21:40:08

snljty 发表于 2020-10-12 23:31
可以对照IUPAC的规定看一下。Pure & Appl. Chem., 70, 117(1998)
γ就是G。
应该是把结构文件中某个碳改 ...

谢谢，按照您说的这个规则修改了，还是出现了同类型的错误

zhutuziqin · 发表于 Post on 2021-11-5 11:40:00

snljty 发表于 2020-10-12 23:31
可以对照IUPAC的规定看一下。Pure & Appl. Chem., 70, 117(1998)
γ就是G。
应该是把结构文件中某个碳改 ...

您这个IUPAC具体规定的图片来源可以发一个网址吗

Liota · 发表于 Post on 2024-4-14 22:47:26

zhutuziqin 发表于 2021-11-5 11:40
您这个IUPAC具体规定的图片来源可以发一个网址吗

这个直接GOOGLE搜索就可以了

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