求助：gromacs模拟时，如何忽略某两个group之间的相互作用？

1900 · 发表于 Post on 2022-3-25 11:41:50

本帖最后由 1900 于 2022-3-25 15:24 编辑

目前，模拟了一个甲基化之后的核酸，我想将甲基与水的相互作用（lj势和静电或者其中一个）忽略掉，我需要怎么做？
energygrp-excl可以实现么？
还有就是如果我想移除甲基与某一个碱基的相互作用（lj和静电），可以直接用在top文件里修改[ exclusions ]么？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-3-25 20:58:24

energygrp和相关的选项是用来计算edr文件中的能量的，好像不影响轨迹。
exlusions是用于链内相互作用的，可以用于忽略链内的非键相互作用，链间的相互作用应该不行。

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-26 14:09:53

energygrp-excl可以实现。但没法直接区分范德华作用和静电作用，忽略的是总的非键作用

thor · 发表于 Post on 2025-2-26 11:05:06

sobereva 发表于 2022-3-26 14:09
energygrp-excl可以实现。但没法直接区分范德华作用和静电作用，忽略的是总的非键作用

社长，想请教一下
1. energygrp-excl是不是只影响能量计算，不影响轨迹呢？
2. 想实际意义上排除相互作用是不是可以这样做，将top文件里面将电荷设为0，[nonbond_params]两种原子的epsilon设为0。我的理解是电荷设为0，那静电相互作用为0，epsilon设为0，范德华部分也是0就达到排除这两种原子相互作用的目的了？

sobereva · 发表于 Post on 2025-2-26 12:40:09

thor 发表于 2025-2-26 11:05
社长，想请教一下
1. energygrp-excl是不是只影响能量计算，不影响轨迹呢？
2. 想实际意义上排除相互作 ...

1 如果是rerun过程，是。否则影响轨迹
2 如果也没有成键相关作用，那就是。但没有energygrp-excl省事

thor · 发表于 Post on 2025-2-26 14:27:02

sobereva 发表于 2025-2-26 12:40
1 如果是rerun过程，是。否则影响轨迹
2 如果也没有成键相关作用，那就是。但没有energygrp-excl省事[/b ...

好的，谢谢社长。主要是高版本现在不支持这个功能

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：gromacs模拟时，如何忽略某两个group之间的相互作用？

浏览过的版块