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[GROMACS] 离子液体拓扑基于离子对提取出来的单体还是单独优化的单体

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本帖最后由 qjy111 于 2024-4-18 08:51 编辑

想问一下,通过查看http://sobereva.com/soft/Sobtop这处时,有些许疑问,packmol产生结构文件时,用离子对整体插入。而拓扑文件用阴、阳离子分别产生,想问一下阴阳离子的拓扑文件是基于离子对提取出来结构产生,还是单独的阴阳离子优化出的结构产生。


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发表于 Post on 2024-4-18 08:36:29 | 只看该作者 Only view this author
引用别人的文字的时候必须给出出处,出处是:http://sobereva.com/soft/Sobtop

可以用优化后的阴-阳离子对结构插入
先插入阳离子再插入阴离子也不是一定不可以,实测模拟正常、没崩溃即可
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-18 08:46:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-18 08:36
引用别人的文字的时候必须给出出处,出处是:http://sobereva.com/soft/Sobtop

可以用优化后的阴-阳离子 ...

好滴好滴,谢谢sob老师,已更正。
那如果采用离子对结构插入,那拓扑文件可以用单独优化的阴离子和阳离子嘛,还是一定要采用离子对提取出来的单体

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发表于 Post on 2024-4-18 09:15:54 | 只看该作者 Only view this author
qjy111 发表于 2024-4-18 08:46
好滴好滴,谢谢sob老师,已更正。
那如果采用离子对结构插入,那拓扑文件可以用单独优化的阴离子和阳离 ...

两种做法得到的拓扑文件没有差别(原子电荷另谈),因为sobtop指认GAFF的原子类型和力场参数只看连接关系不看具体坐标
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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