CP2K-singularity镜像分享

djjj148

*********************2023.7.12更新****************************************

之前发的链接过期了，现重新上传了7.1-2023.1的avx2版本
我用夸克网盘分享了「cp2k镜像」，点击链接即可保存。打开「夸克APP」，无需下载在线播放视频，畅享原画5倍速，支持电视投屏。
链接：https://pan.quark.cn/s/64aa03464903
提取码：Hh7Y
*********************2023.7.12更新****************************************



7.1-2023.1，全是avx2版本的，经测试发现avx2的镜像可以在avx512的机器上跑且速度没有任何差别。没有分享8.1版本，因为速度比其他版本慢了太多，不建议大家用。


镜像的制作和使用方法见帖子：
http://bbs.keinsci.com/thread-25773-1-1.html

值得一提的是目前官方已经开始在docker上传镜像，可以直接pull下来,通过使用上述帖子介绍的方法编辑后变成我分享的这种镜像
https://hub.docker.com/r/cp2k/cp2k/tags



提取码：ThyJ

neocc

请问singlarity里面想调用自定义的 基组和赝势文件 需要如何操作呢？

ball2006

楼主可否放到阿里云盘一份呢？夸克还得扫描注册才能下载

abin

或者，使用官方源码中的Dockerfile，自己build 一下就有了。
可能需要网络……

有特殊调试和优化的话，需要修改dockerfile 。

楼上也提到了，官方镜像pull一下就有……

一般情况下，比网盘速度快。

abin

neocc 发表于 2022-7-13 17:14
请问singlarity里面想调用自定义的 基组和赝势文件 需要如何操作呢？

CSDN hpc4you 也许那些文字，能给你思路。

wth1219

neocc 发表于 2022-7-13 17:14
请问singlarity里面想调用自定义的 基组和赝势文件 需要如何操作呢？

将相应的基组、赝势文件与输入文件置于同一目录下，在输入文件的BASIS_SET_FILE_NAME、POTENTIAL_FILE_NAME两个关键词后指定相应的基组、赝势文件的名称即可。输入文件所在的目录是CP2K最优先读取的位置。

wth1219

ball2006 发表于 2022-7-13 19:40
楼主可否放到阿里云盘一份呢？夸克还得扫描注册才能下载

我已下载楼主好心分享的镜像文件，也有阿里云盘空间可供分享，但需首先征求楼主的意见，不知其是否允准。

sobereva

夸克网盘挺抠门的，刚注册时大，后来就只给10GB了，因此被我弃了，我现在都用阿里网盘

djjj148

阿里云盘我也用过，当时只给我100G，我就用给1T的夸克了，没想到夸克现在只给10G。大家如果把镜像转到阿里盘上了也欢迎分享出来。

另外，夸克用微信一扫就可以登录，也挺方便，下载我发的镜像也够了。

wth1219

djjj148 发表于 2022-7-14 09:33
阿里云盘我也用过，当时只给我100G，我就用给1T的夸克了，没想到夸克现在只给10G。大家如果把镜像转到阿里 ...

多谢楼主慷慨授权！我傍晚时分将其转存至阿里云盘分享出来。
（今天没有能量了，尴尬……只能等明天了……）

另外向您咨询一个问题，我在使用9.1和2022.1版本镜像的时候，每一个离子步前均会出现关于ELPA的报错：
WARNING in fm/cp_fm_elpa.F:521 :: Setting real_kernel for ELPA failed

不知道这是什么层面上的问题、是否影响计算结果和稳定性？（尤其是在使用rVV10_kernel_table.dat进行rVV10校正的时候。）谢谢！

highlight

wth1219 发表于 2022-7-14 13:06
多谢楼主慷慨授权！我傍晚时分将其转存至阿里云盘分享出来。
（今天没有能量了，尴尬……只能等明天了… ...

你的机器是 avx512 的吧，仔细看看前面是不是还有个

1. *** HINT in environment.F:869 :: The compiler target flags (x86_avx2)     ***
   
2. *** used to build this binary cannot exploit all extensions of this CPU   ***
   
3. *** model (x86_avx512). Consider compiler target flags as part of FCFLAGS ***
   
4. *** and CFLAGS (ARCH file).  

复制代码

你可以试试用 http://bbs.keinsci.com/thread-25773-1-1.html 里的沙盒模式重新 make 一次，或许能解决
我还是是习惯编译传统的静态版，使用的方法是把报错的部分注释掉，比如
1）注释掉 src/environment.F 的 867-973 行

1. #        IF (cpuid_static < cpuid) THEN
   
2. #           ! base/machine_cpuid.c relies on the (same) target flags as the Fortran code
   
3. #           CALL cp_hint(__LOCATION__, "The compiler target flags ("// &
   
4. #                        TRIM(m_cpuid_name(cpuid_static))//") used to build this binary cannot exploit "// &
   
5. #                        "all extensions of this CPU model ("//TRIM(m_cpuid_name(cpuid))//"). "// &
   
6. #                        "Consider compiler target flags as part of FCFLAGS and CFLAGS (ARCH file).")
   
7. #        END IF

复制代码

2）改变 srcfm/cp_fm_elpa.F 的 208-222 行 DEFAULT

1. CASE DEFAULT
   
2. #              elpa_kernel = ELPA_2STAGE_REAL_AVX512_BLOCK4
   
3.                 elpa_kernel = ELPA_2STAGE_REAL_AVX2_BLOCK4
   
4.             END SELECT

复制代码

wth1219

highlight 发表于 2022-7-14 13:15
你的机器是 avx512 的吧，仔细看看前面是不是还有个

您好，感谢您的指教！

我查了一下，我用的那台节点的确是avx512的，输出文件中也有您说的那个HINT。学校集群大部分节点是avx2的，就那么几台新的avx512的被我给碰到了，改用avx2的节点就没有那个WARNING了。

wth1219

实在抱歉，本想将楼主好心分享在夸克网盘中的镜像文件转存至阿里云盘分享，但操作之后发现无论是原始压缩包还是解压之后的镜像文件均被提示“无法分享”（见下图）、不知何故，还请知道解决方案的师友不吝赐教。谢谢！

waitingseven

感谢分享，目前在用楼主之前分享的avx512的8.2版本，不知道最新版的速度有提升吗

djjj148

waitingseven 发表于 2022-7-14 17:46
感谢分享，目前在用楼主之前分享的avx512的8.2版本，不知道最新版的速度有提升吗

简单且不严谨的测试过，9.1的速度最快