求助，分子对接显示FE电荷为0

mbbbbb · 发表于 Post on 2024-1-5 14:47:00

求助，我最近在做一个含FE原子的蛋白（PDB id：1yge）和小分子分子对接，我在对蛋白质进行去水加氢然后选中为受体导出为pdbqt格式时，显示FE的电荷为0，但是那个AD4文件里面是有FE的参数的，想请教下您这是为什么呢？还有一个问题时我看了很多论坛有人说用vina做对接时不用管金属电荷，vina是把金属离子当作极性氢来考虑的，我想找各位求证一下。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-1-5 23:26:13

Vina管不管Fe的电荷跟你用什么打分函数有关系，用AD4力场的话其实是有关系的，要在生成grid之前手动给pdbqt里的Fe加上电荷，AD4是有静电势的map的；如果用vina打分函数或者vinardo打分函数就没影响，他们根本就没有跟电荷有关的项

mbbbbb · 发表于 Post on 2024-6-17 10:24:11

喵星大佬发表于 2024-1-5 23:26
Vina管不管Fe的电荷跟你用什么打分函数有关系，用AD4力场的话其实是有关系的，要在生成grid之前手动给pdbqt ...

好的明白了谢谢你

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