[GROMACS] 在生成tpr文件时遇到“fatal error: invalid bond type 0”应该如何解决？

[复制链接 Copy URL]

neoje

15 帖子	0 威望	421 eV

积分: 436

Level 3 能力者

发消息 Send PM

电梯直达 Go to

楼主

发表于 Post on 2024-5-4 22:16:44 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

|倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model

各位前辈好，我这边借助cg_param程序，使用martini力场分别对我要研究的聚合物单体及低聚物（聚合度为10）进行粗粒化建模，最终分别生成itp和gro文件如下，但是在预处理生成tpr文件时，粗粒化单体（monopbdt）一切正常，而低聚物（10重复单元）（pbdt）生成tpr文件时出现了“fatal error: invalid bond type 0”的报错，无法生成tpr文件，

我把生成的itp、gro文件以及自己写的mdp文件分别附在下方，恳请各位前辈帮我看看问题到底出在哪，已经困扰好久了，谢谢！

202405042210027031..png (23.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)