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[GROMACS] gromacs跑出来prod.gro在VMD中不均匀

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计算化学刚开始学习,想跑2M LiFSI在体积比为1比1的EMC+TTE溶剂中的电解液,通过计算在10nm*10nm*10nm的盒子中分子数分别为1204,2304和1078,但在gmx insert-molecules中插入不了这么多原子,然后我将分子数都除2插入进去,最终跑出来结果不均匀。如图右下角都是空的,随后更改盒子大小和配方都会跑出来不均匀

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发表于 Post on 2024-5-6 00:43:29 | 只看该作者 Only view this author
利用压浴将之消掉(自发调整密度)
盒子平衡之前不要用PR压浴,这是基本的常识
用Berendsen压浴,并结合较小的ref_p加速这个过程
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