关于cp2k生成molden文件及Multiwfn后处理作图的一些请教

nusiew · 发表于 Post on 2022-7-9 15:31:21

本帖最后由 nusiew 于 2022-7-9 15:36 编辑

1. 我看之前论坛上说 “cp2k生成molden文件需要用对角化而不要用OT的，否则里面没轨道能级信息”，我用OT方法和对角化方法分别输出的molden文件对比发现，二者形式上似乎没有区别，请问molden轨道能级信息从哪里可以看到，OT方法输出的molden文件是否缺少轨道能级信息？两种方法输出的molden文件放蓝奏云盘里了（https://wwd.lanzouy.com/iESbF07lk64j）

2. 请问cp2k输出的molden文件是否是标准的molden文件？我参考Multiwfn手册附录5部分基于基函数和GTF分别进行了check，信息如下图。手册中写的是 If both the two maximum deviations are evidently larger than zero, then there must be some severe problems in the input file; if any one of them is very close to zero, the input file should be fully compatible with Multiwfn. 测试结果大概在0.5左右，这个结果是否意味着molden文件可用？

3. 如下，请问用Multiwfn绘制的ELF图的横纵坐标的范围是否可以修改？由于输出的图的横纵坐标值很模糊，请问大家是怎么解决这个问题的？能否把数据导出来绘图呢？谢谢大家！

丁越 · 发表于 Post on 2022-7-9 20:40:50

1. molden格式文件里面有个Ene字段专门记录了能级信息，Google搜molden format
2. 是
3. 把数据导出，放到Origin里作图

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-10 05:09:07

1 搜Ene=看后面的数值

2 怎么用CP2K产生能给Multiwfn做波函数分析用的molden文件在下文写明了，手册2.9.2.1节也写明了
使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用
http://sobereva.com/588（http://bbs.keinsci.com/thread-21742-1-1.html）
严格照着做就不可能有问题

3 绝对不要直接截图，要在菜单里选择保存图片
并且搞清楚Multiwfn怎么控制输出的图片尺寸，看
谈谈与计算化学有关的作图的图像清晰问题
http://sobereva.com/607（http://bbs.keinsci.com/thread-24177-1-1.html）

保存图片得到的图一点都不模糊

nusiew · 发表于 Post on 2022-7-10 10:24:46

本帖最后由 nusiew 于 2022-7-10 10:41 编辑

谢谢sobereva老师和丁越老师的解答，对于cp2k默认输出的molden文件修改的地方总结为两个，一个是添加晶格常数信息，还有一个是如果使用了赝势，要将element index替换成实际的价电子数，是不是直接使用赝势中的被赝势赝化的电子数就可以了？比如说对于V，直接将原子序数23替换成13？
      &KIND V
         BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
         POTENTIAL GTH-PBE-q13
      &END KIND

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-26 06:50:07

nusiew 发表于 2022-7-10 10:24
谢谢sobereva老师和丁越老师的解答，对于cp2k默认输出的molden文件修改的地方总结为两个，一个是添加晶格常 ...

是

杨小狗 · 发表于 Post on 2025-7-26 23:23:19

本帖最后由杨小狗于 2025-7-26 23:24 编辑

借贴寻求一个问题的答案：请问，cp2k在计算Cu（001）d-center的时候，将胞拓展8x8x1之后，产生的molden文件太大了，载入multiwfn之后加载完成自动闪退，使用[CELL].txt让molden文件载入cell信息之后，就不会闪退了，但重新排布电子占据的时候，排好后返回主界面依然会闪退，请问是molden文件太大造成的吗？
2.如果molden文件太大，ultraedit打开的时候也提示文件太大应该怎么解决？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-27 01:59:39

杨小狗发表于 2025-7-26 23:23
借贴寻求一个问题的答案：请问，cp2k在计算Cu（001）d-center的时候，将胞拓展8x8x1之后，产生的molden文件 ...

1 可能是。找个大内存机子

杨小狗 · 发表于 Post on 2025-7-28 08:54:02

sobereva 发表于 2025-7-27 01:59
1 可能是。找个大内存机子

收到，感谢社长解答

杨小狗 · 发表于 Post on 2025-7-28 17:47:16

杨小狗发表于 2025-7-28 08:54
收到，感谢社长解答

加大机子内存，molden文件可以载入multiwfn了，原因出在内存不够，保存不下molden的数据

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