在gromacs中用charmm36力场处理纤维素，pdb2gmx时出现问题

huashang

我使用cellulose-builder构建了7条纤维素链，在gromacs中用最新的charmm36力场处理纤维素时，遇到了以下报错。
我的问题是，我的输入文件crystal.pdb中是有O1的这个原子的，为什么会找不到，我该如何解决这个问题？

Fatal error:
Residue 1 named BGLC of a molecule in the input file was mapped
to an entry in the topology database, but the atom O1 used in
that entry is not found in the input file. Perhaps your atom
and/or residue naming needs to be fixed.

zdworld

原子顺序也要相符合

huashang

zdworld 发表于 2023-9-28 13:09
原子顺序也要相符合

抱歉，我有点不太明白您的意思，纤维素PDB中的原子顺序要与什么文件中的顺序相符合？

zdworld

huashang 发表于 2023-9-28 18:07
抱歉，我有点不太明白您的意思，纤维素PDB中的原子顺序要与什么文件中的顺序相符合？

你使用pdb2gmx需要检查一下pdb的原子顺序和rtp是不是相符合，cellulose builder糖苷键那个氧原子归属于哪个残基我记得跟一般力场的设定不太一样，需要自己修改一下。

雨中宇

请问一下具体该怎么改呢，不太懂啊