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[GROMACS] 请教:如何先将体系按X轴分区域,再沿Z轴进行密度分析?

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        各位老师,我现在想按照X轴将体系分成受限孔内和体相两部分(如下图),进一步选择红色方框区域,再按照Z轴进行密度分析,该如何进行操作呢,gmx density 命令貌似只能进行单个方向x/z的分析,我是需要对轨迹文件进行处理,自己写程序实现么,还是可以添加命令就能实现?


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发表于 Post on 2024-5-8 06:21:38 | 只看该作者 Only view this author
恰当构建索引文件,把要统计区域的原子定义成组,在gmx density里选择相应的组
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-8 11:32:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-8 06:21
恰当构建索引文件,把要统计区域的原子定义成组,在gmx density里选择相应的组

卢老师,我还有点疑问,比如取样200-300帧的平均密度,将要统计区域的原子定义成组后,该区域的原子一旦移出或者旁边的原子进入,gmx density计算出的该组密度是不是就不能代表统计区域的密度了

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发表于 Post on 2024-5-8 20:09:40 | 只看该作者 Only view this author
longhahaha 发表于 2024-5-8 11:32
卢老师,我还有点疑问,比如取样200-300帧的平均密度,将要统计区域的原子定义成组后,该区域的原子一旦 ...


可以自己写VMD tcl脚本进行这种分析,每一帧重新更新选区
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