SMD COM pulling 拉伸距离突然为负值

Yaozhi_Yang

请教大家一个问题，最近使用GROMACS2023做蛋白质的SMD拉伸模拟，在输出的拉伸距离文件中发现拉伸点间的距离突然变为负值，如下如所示。
我猜可能是周期性边界条件的原因，如果是这个原因，该如何修正呢（使距离继续增加）？

下面是模拟中设置的拉伸代码
pull                    = yes
pull_ncoords            = 1        
pull_ngroups            = 2         
pull_group1_name        = NCA
pull_group2_name        = CCA
pull_coord1_type        = constant-force
pull_coord1_geometry    = direction-periodic  
pull_coord1_vec         = 1 0 0
pull_coord1_dim         = Y N N   
pull_coord1_groups      = 1 2      
pull_coord1_start       = yes      
pull_coord1_k           = -100